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Comparison of computational methods for Hi-C data analysis
2017 Forcato, Mattia; Nicoletti, Chiara; Pal, Koustav; Livi, Carmen Maria; Ferrari, Francesco; Bicciato, Silvio
Glucocorticoid receptor signalling activates YAP in breast cancer
2017 Sorrentino, Giovanni; Ruggeri, Naomi; Zannini, Alessandro; Ingallina, Eleonora; Bertolio, Rebecca; Marotta, Carolina; Neri, Carmelo; Cappuzzello, Elisa; Forcato, Mattia; Rosato, Antonio; Mano, Miguel; Bicciato, Silvio; Del Sal, Giannino
MCM7 and its hosted miR-25, 93 and 106b cluster elicit YAP/TAZ oncogenic activity in lung cancer
2017 Lo Sardo, F; Forcato, Mattia; Sacconi, A; Capaci, V; Zanconato, F; di Agostino, S; Del Sal, G; Pandolfi, P. P; Strano, S; Bicciato, Silvio; Blandino, G.
Transcriptional addiction in cancer cells is mediated by YAP/TAZ through BRD4
2018 Zanconato, Francesca; Battilana, Giusy; Forcato, Mattia; Filippi, Letizia; Azzolin, Luca; Manfrin, Andrea; Quaranta, Erika; Di Biagio, Daniele; Sigismondo, Gianluca; Guzzardo, Vincenza; Lejeune, Pascale; Haendler, Bernard; Krijgsveld, Jeroen; Fassan, Matteo; Bicciato, Silvio; Cordenonsi, Michelangelo; Piccolo, Stefano
Differential proteomic profile of leukemic CD34+ progenitor cells from chronic myeloid leukemia patients
2018 Ricciardi, Maria Rosaria; Salvestrini, Valentina; Licchetta, Roberto; Mirabilii, Simone; Forcato, Mattia; Gugliotta, Gabriele; Salati, Simona; Castagnetti, Fausto; Rosti, Gianantonio; Breccia, Massimo; Alimena, Giuliana; Manfredini, Rossella; Bicciato, Silvio; Lemoli, Roberto Massimo; Tafuri, Agostino
GDA, a web-based tool for Genomics and Drugs integrated analysis
2018 Caroli, Jimmy; Sorrentino, Giovanni; Forcato, Mattia; Del Sal, Giannino; Bicciato, Silvio
Transcriptional profiling of human bronchial epithelial cell BEAS-2B exposed to diesel and biomass ultrafine particles
2018 Grilli, Andrea; Bengalli, Rossella; Longhin, Eleonora; Capasso, Laura; Proverbio, Maria Carla; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio; Gualtieri, Maurizio; Battaglia, Cristina; Camatini, Marina
Computational methods for analyzing genome-wide chromosome conformation capture data
2018 Nicoletti, Chiara; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio
F-actin dynamics regulates mammalian organ growth and cell fate maintenance
2019 Pocaterra, Arianna; Santinon, Giulia; Romani, Patrizia; Brian, Irene; Dimitracopoulos, Andrea; Ghisleni, Andrea; Carnicer-Lombarte, Alejandro; Forcato, Mattia; Braghetta, Paola; Montagner, Marco; Galuppini, Francesca; Aragona, Mariaceleste; Pennelli, Gianmaria; Bicciato, Silvio; Gauthier, Nils; Franze, Kristian; Dupont, Sirio
Transcription Factor-Directed Re-wiring of Chromatin Architecture for Somatic Cell Nuclear Reprogramming toward trans-Differentiation
2019 Dall'Agnese, A.; Caputo, L.; Nicoletti, C.; di Iulio, J.; Schmitt, A.; Gatto, S.; Diao, Y.; Ye, Z.; Forcato, M.; Perera, R.; Bicciato, S.; Telenti, A.; Ren, B.; Puri, P. L.
Extracellular matrix mechanical cues regulate lipid metabolism through Lipin-1 and SREBP
2019 Romani, Patrizia; Brian, Irene; Santinon, Giulia; Pocaterra, Arianna; Audano, Matteo; Pedretti, Silvia; Mathieu, Samuel; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio; Manneville, Jean-Baptiste; Mitro, Nico; Dupont, Sirio
Global chromatin conformation differences in the Drosophila dosage compensated chromosome X
2019 Pal, K.; Forcato, M.; Jost, D.; Sexton, T.; Vaillant, C.; Salviato, E.; Mazza, E. M. C.; Lugli, E.; Cavalli, G.; Ferrari, F.
Hi-C analysis: from data generation to integration
2019 Pal, Koustav; Forcato, Mattia; Ferrari, Francesco
Publisher Correction: Reprogramming normal cells into tumour precursors requires ECM stiffness and oncogene-mediated changes of cell mechanical properties (Nature Materials, (2020), 10.1038/s41563-020-0615-x)
2020 Panciera, T.; Citron, A.; Di Biagio, D.; Battilana, G.; Gandin, A.; Giulitti, S.; Forcato, M.; Bicciato, S.; Panzetta, V.; Fusco, S.; Azzolin, L.; Totaro, A.; Tos, A. P. D.; Fassan, M.; Vindigni, V.; Bassetto, F.; Rosato, A.; Brusatin, G.; Cordenonsi, M.; Piccolo, S.
Reprogramming normal cells into tumour precursors requires ECM stiffness and oncogene-mediated changes of cell mechanical properties
2020 Panciera, T.; Citron, A.; Di Biagio, D.; Battilana, G.; Gandin, A.; Giulitti, S.; Forcato, M.; Bicciato, S.; Panzetta, V.; Fusco, S.; Azzolin, L.; Totaro, A.; Dei Tos, A. P.; Fassan, M.; Vindigni, V.; Bassetto, F.; Rosato, A.; Brusatin, G.; Cordenonsi, M.; Piccolo, S.
Alterations of redox and iron metabolism accompany the development of HIV latency
2020 Shytaj, I. L.; Lucic, B.; Forcato, M.; Penzo, C.; Billingsley, J.; Laketa, V.; Bosinger, S.; Stanic, M.; Gregoretti, F.; Antonelli, L.; Oliva, G.; Frese, C. K.; Trifunovic, A.; Galy, B.; Eibl, C.; Silvestri, G.; Bicciato, S.; Savarino, A.; Lusic, M.
The transcriptional regulator ZNF398 mediates pluripotency and epithelial character downstream of TGF-beta in human PSCs
2020 Zorzan, I.; Pellegrini, M.; Arboit, M.; Incarnato, D.; Maldotti, M.; Forcato, M.; Tagliazucchi, G. M.; Carbognin, E.; Montagner, M.; Oliviero, S.; Martello, G.
APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis
2020 Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.
Gene expression analysis of T-cells by single-cell RNA-seq
2021 Lo Tartaro, D.; De Biasi, S.; Forcato, M.; Gibellini, L.; Cossarizza, A.
Computational analysis of hi-c data
2021 Forcato, M.; Bicciato, S.
Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
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Comparison of computational methods for Hi-C data analysis | 1-gen-2017 | Forcato, Mattia; Nicoletti, Chiara; Pal, Koustav; Livi, Carmen Maria; Ferrari, Francesco; Bicciato, Silvio | |
Glucocorticoid receptor signalling activates YAP in breast cancer | 1-gen-2017 | Sorrentino, Giovanni; Ruggeri, Naomi; Zannini, Alessandro; Ingallina, Eleonora; Bertolio, Rebecca; Marotta, Carolina; Neri, Carmelo; Cappuzzello, Elisa; Forcato, Mattia; Rosato, Antonio; Mano, Miguel; Bicciato, Silvio; Del Sal, Giannino | |
MCM7 and its hosted miR-25, 93 and 106b cluster elicit YAP/TAZ oncogenic activity in lung cancer | 1-gen-2017 | Lo Sardo, F; Forcato, Mattia; Sacconi, A; Capaci, V; Zanconato, F; di Agostino, S; Del Sal, G; Pandolfi, P. P; Strano, S; Bicciato, Silvio; Blandino, G. | |
Transcriptional addiction in cancer cells is mediated by YAP/TAZ through BRD4 | 1-gen-2018 | Zanconato, Francesca; Battilana, Giusy; Forcato, Mattia; Filippi, Letizia; Azzolin, Luca; Manfrin, Andrea; Quaranta, Erika; Di Biagio, Daniele; Sigismondo, Gianluca; Guzzardo, Vincenza; Lejeune, Pascale; Haendler, Bernard; Krijgsveld, Jeroen; Fassan, Matteo; Bicciato, Silvio; Cordenonsi, Michelangelo; Piccolo, Stefano | |
Differential proteomic profile of leukemic CD34+ progenitor cells from chronic myeloid leukemia patients | 1-gen-2018 | Ricciardi, Maria Rosaria; Salvestrini, Valentina; Licchetta, Roberto; Mirabilii, Simone; Forcato, Mattia; Gugliotta, Gabriele; Salati, Simona; Castagnetti, Fausto; Rosti, Gianantonio; Breccia, Massimo; Alimena, Giuliana; Manfredini, Rossella; Bicciato, Silvio; Lemoli, Roberto Massimo; Tafuri, Agostino | |
GDA, a web-based tool for Genomics and Drugs integrated analysis | 1-gen-2018 | Caroli, Jimmy; Sorrentino, Giovanni; Forcato, Mattia; Del Sal, Giannino; Bicciato, Silvio | |
Transcriptional profiling of human bronchial epithelial cell BEAS-2B exposed to diesel and biomass ultrafine particles | 1-gen-2018 | Grilli, Andrea; Bengalli, Rossella; Longhin, Eleonora; Capasso, Laura; Proverbio, Maria Carla; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio; Gualtieri, Maurizio; Battaglia, Cristina; Camatini, Marina | |
Computational methods for analyzing genome-wide chromosome conformation capture data | 1-gen-2018 | Nicoletti, Chiara; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio | |
F-actin dynamics regulates mammalian organ growth and cell fate maintenance | 1-gen-2019 | Pocaterra, Arianna; Santinon, Giulia; Romani, Patrizia; Brian, Irene; Dimitracopoulos, Andrea; Ghisleni, Andrea; Carnicer-Lombarte, Alejandro; Forcato, Mattia; Braghetta, Paola; Montagner, Marco; Galuppini, Francesca; Aragona, Mariaceleste; Pennelli, Gianmaria; Bicciato, Silvio; Gauthier, Nils; Franze, Kristian; Dupont, Sirio | |
Transcription Factor-Directed Re-wiring of Chromatin Architecture for Somatic Cell Nuclear Reprogramming toward trans-Differentiation | 1-gen-2019 | Dall'Agnese, A.; Caputo, L.; Nicoletti, C.; di Iulio, J.; Schmitt, A.; Gatto, S.; Diao, Y.; Ye, Z.; Forcato, M.; Perera, R.; Bicciato, S.; Telenti, A.; Ren, B.; Puri, P. L. | |
Extracellular matrix mechanical cues regulate lipid metabolism through Lipin-1 and SREBP | 1-gen-2019 | Romani, Patrizia; Brian, Irene; Santinon, Giulia; Pocaterra, Arianna; Audano, Matteo; Pedretti, Silvia; Mathieu, Samuel; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio; Manneville, Jean-Baptiste; Mitro, Nico; Dupont, Sirio | |
Global chromatin conformation differences in the Drosophila dosage compensated chromosome X | 1-gen-2019 | Pal, K.; Forcato, M.; Jost, D.; Sexton, T.; Vaillant, C.; Salviato, E.; Mazza, E. M. C.; Lugli, E.; Cavalli, G.; Ferrari, F. | |
Hi-C analysis: from data generation to integration | 1-gen-2019 | Pal, Koustav; Forcato, Mattia; Ferrari, Francesco | |
Publisher Correction: Reprogramming normal cells into tumour precursors requires ECM stiffness and oncogene-mediated changes of cell mechanical properties (Nature Materials, (2020), 10.1038/s41563-020-0615-x) | 1-gen-2020 | Panciera, T.; Citron, A.; Di Biagio, D.; Battilana, G.; Gandin, A.; Giulitti, S.; Forcato, M.; Bicciato, S.; Panzetta, V.; Fusco, S.; Azzolin, L.; Totaro, A.; Tos, A. P. D.; Fassan, M.; Vindigni, V.; Bassetto, F.; Rosato, A.; Brusatin, G.; Cordenonsi, M.; Piccolo, S. | |
Reprogramming normal cells into tumour precursors requires ECM stiffness and oncogene-mediated changes of cell mechanical properties | 1-gen-2020 | Panciera, T.; Citron, A.; Di Biagio, D.; Battilana, G.; Gandin, A.; Giulitti, S.; Forcato, M.; Bicciato, S.; Panzetta, V.; Fusco, S.; Azzolin, L.; Totaro, A.; Dei Tos, A. P.; Fassan, M.; Vindigni, V.; Bassetto, F.; Rosato, A.; Brusatin, G.; Cordenonsi, M.; Piccolo, S. | |
Alterations of redox and iron metabolism accompany the development of HIV latency | 1-gen-2020 | Shytaj, I. L.; Lucic, B.; Forcato, M.; Penzo, C.; Billingsley, J.; Laketa, V.; Bosinger, S.; Stanic, M.; Gregoretti, F.; Antonelli, L.; Oliva, G.; Frese, C. K.; Trifunovic, A.; Galy, B.; Eibl, C.; Silvestri, G.; Bicciato, S.; Savarino, A.; Lusic, M. | |
The transcriptional regulator ZNF398 mediates pluripotency and epithelial character downstream of TGF-beta in human PSCs | 1-gen-2020 | Zorzan, I.; Pellegrini, M.; Arboit, M.; Incarnato, D.; Maldotti, M.; Forcato, M.; Tagliazucchi, G. M.; Carbognin, E.; Montagner, M.; Oliviero, S.; Martello, G. | |
APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis | 1-gen-2020 | Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S. | |
Gene expression analysis of T-cells by single-cell RNA-seq | 1-gen-2021 | Lo Tartaro, D.; De Biasi, S.; Forcato, M.; Gibellini, L.; Cossarizza, A. | |
Computational analysis of hi-c data | 1-gen-2021 | Forcato, M.; Bicciato, S. |
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