EnglishIn all organisms, chromatin is packed to fulfil structural constraints and functional requirements. The hierarchical model of chromatin organization in the 3D nuclear space encompasses different topologies at diverse scale lengths, with chromosomes occupying distinct volumes, further organized in compartments, inside which the chromatin fibers fold into large domains and short-range loops. In the recent years, the combination of chromosome conformation capture (3C) techniques and high-throughput sequencing allowed probing chromatin spatial organization at the whole genome-scale. 3C-based methods produce enormous amounts of genomic data that are analyzed using ad-hoc computational procedures. Here, we review the common pipelines and methods for the analysis of genome-wide chromosome conformation capture data, highlighting recent developments in key steps for the identification of chromatin structures.
Computational methods for analyzing genome-wide chromosome conformation capture data / Nicoletti, Chiara; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio. - In: CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY. - ISSN 0958-1669. - 54(2018), pp. 98-105. [10.1016/j.copbio.2018.01.023]
| Data di pubblicazione: | 2018 | |
| Data di prima pubblicazione: | 15-mar-2018 | |
| Titolo: | Computational methods for analyzing genome-wide chromosome conformation capture data | |
| Autore/i: | Nicoletti, Chiara; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio | |
| Autore/i UNIMORE: | ||
| Digital Object Identifier (DOI): | http://dx.doi.org/10.1016/j.copbio.2018.01.023 | |
| Rivista: | ||
| Volume: | 54 | |
| Pagina iniziale: | 98 | |
| Pagina finale: | 105 | |
| Codice identificativo ISI: | WOS:000452933900014 | |
| Codice identificativo Scopus: | 2-s2.0-85043587135 | |
| Codice identificativo Pubmed: | 29550705 | |
| Citazione: | Computational methods for analyzing genome-wide chromosome conformation capture data / Nicoletti, Chiara; Forcato, Mattia; Bicciato, Silvio. - In: CURRENT OPINION IN BIOTECHNOLOGY. - ISSN 0958-1669. - 54(2018), pp. 98-105. [10.1016/j.copbio.2018.01.023] | |
| Tipologia | Articolo su rivista |
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