Summary: Here we present APTANI2, an expanded and optimized version of APTANI, a computational tool for selecting target-specific aptamers from high-throughput-Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment data through sequence-structure analysis. As compared to its original implementation, APTANI2 ranks aptamers and identifies relevant structural motifs through the calculation of a score that combines frequency and structural stability of each secondary structure predicted in any aptamer sequence. In addition, APTANI2 comprises modules for a deeper investigation of sequence motifs and secondary structures, a graphical user interface that enhances its usability, and coding solutions that improve performances.
APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis / Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - 36:7(2020), pp. 2266-2268. [10.1093/bioinformatics/btz897]
Data di pubblicazione: | 2020 | |
Titolo: | APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis | |
Autore/i: | Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S. | |
Autore/i UNIMORE: | ||
Digital Object Identifier (DOI): | http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz897 | |
Rivista: | ||
Volume: | 36 | |
Fascicolo: | 7 | |
Pagina iniziale: | 2266 | |
Pagina finale: | 2268 | |
Codice identificativo ISI: | WOS:000536489400044 | |
Codice identificativo Scopus: | 2-s2.0-85083079633 | |
Codice identificativo Pubmed: | 31778141 | |
Citazione: | APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis / Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - 36:7(2020), pp. 2266-2268. [10.1093/bioinformatics/btz897] | |
Tipologia | Articolo su rivista |
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