APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis

Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.

doi:10.1093/bioinformatics/btz897

Summary: Here we present APTANI2, an expanded and optimized version of APTANI, a computational tool for selecting target-specific aptamers from high-throughput-Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment data through sequence-structure analysis. As compared to its original implementation, APTANI2 ranks aptamers and identifies relevant structural motifs through the calculation of a score that combines frequency and structural stability of each secondary structure predicted in any aptamer sequence. In addition, APTANI2 comprises modules for a deeper investigation of sequence motifs and secondary structures, a graphical user interface that enhances its usability, and coding solutions that improve performances.

APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis / Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - 36:7(2020), pp. 2266-2268. [10.1093/bioinformatics/btz897]

Data di pubblicazione:	2020
Titolo:	APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis
Autore/i:	Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.
Autore/i UNIMORE:	CAROLI, JIMMY FORCATO, Mattia BICCIATO, Silvio
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz897
Rivista:	BIOINFORMATICS
Volume:	36
Fascicolo:	7
Pagina iniziale:	2266
Pagina finale:	2268
Codice identificativo ISI:	WOS:000536489400044
Codice identificativo Scopus:	2-s2.0-85083079633
Codice identificativo Pubmed:	31778141
Citazione:	APTANI2: Update of aptamer selection through sequence-structure analysis / Caroli, J.; Forcato, M.; Bicciato, S.. - In: BIOINFORMATICS. - ISSN 1367-4803. - 36:7(2020), pp. 2266-2268. [10.1093/bioinformatics/btz897]
Tipologia	Articolo su rivista

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