Epigenomic landscape of human colorectal cancer unveils an aberrant core of pan-cancer enhancers orchestrated by YAP/TAZ

Della Chiara, G.; Gervasoni, F.; Fakiola, M.; Godano, C.; D'Oria, C.; Azzolin, L.; Bonnal, R. J. P.; Moreni, G.; Drufuca, L.; Rossetti, G.; Ranzani, V.; Bason, R.; De Simone, M.; Panariello, F.; Ferrari, I.; Fabbris, T.; Zanconato, F.; Forcato, M.; Romano, O.; Caroli, J.; Gruarin, P.; Sarnicola, M. L.; Cordenonsi, M.; Bardelli, A.; Zucchini, N.; Ceretti, A. P.; Mariani, N. M.; Cassingena, A.; Sartore-Bianchi, A.; Testa, G.; Gianotti, L.; Opocher, E.; Pisati, F.; Tripodo, C.; Macino, G.; Siena, S.; Bicciato, S.; Piccolo, S.; Pagani, M.

doi:10.1038/s41467-021-22544-y

Cancer is characterized by pervasive epigenetic alterations with enhancer dysfunction orchestrating the aberrant cancer transcriptional programs and transcriptional dependencies. Here, we epigenetically characterize human colorectal cancer (CRC) using de novo chromatin state discovery on a library of different patient-derived organoids. By exploring this resource, we unveil a tumor-specific deregulated enhancerome that is cancer cell-intrinsic and independent of interpatient heterogeneity. We show that the transcriptional coactivators YAP/TAZ act as key regulators of the conserved CRC gained enhancers. The same YAP/TAZ-bound enhancers display active chromatin profiles across diverse human tumors, highlighting a pan-cancer epigenetic rewiring which at single-cell level distinguishes malignant from normal cell populations. YAP/TAZ inhibition in established tumor organoids causes extensive cell death unveiling their essential role in tumor maintenance. This work indicates a common layer of YAP/TAZ-fueled enhancer reprogramming that is key for the cancer cell state and can be exploited for the development of improved therapeutic avenues.

Epigenomic landscape of human colorectal cancer unveils an aberrant core of pan-cancer enhancers orchestrated by YAP/TAZ / Della Chiara, G.; Gervasoni, F.; Fakiola, M.; Godano, C.; D'Oria, C.; Azzolin, L.; Bonnal, R. J. P.; Moreni, G.; Drufuca, L.; Rossetti, G.; Ranzani, V.; Bason, R.; De Simone, M.; Panariello, F.; Ferrari, I.; Fabbris, T.; Zanconato, F.; Forcato, M.; Romano, O.; Caroli, J.; Gruarin, P.; Sarnicola, M. L.; Cordenonsi, M.; Bardelli, A.; Zucchini, N.; Ceretti, A. P.; Mariani, N. M.; Cassingena, A.; Sartore-Bianchi, A.; Testa, G.; Gianotti, L.; Opocher, E.; Pisati, F.; Tripodo, C.; Macino, G.; Siena, S.; Bicciato, S.; Piccolo, S.; Pagani, M.. - In: NATURE COMMUNICATIONS. - ISSN 2041-1723. - 12:1(2021), pp. 1-18.

Data di pubblicazione:	2021
Titolo:	Epigenomic landscape of human colorectal cancer unveils an aberrant core of pan-cancer enhancers orchestrated by YAP/TAZ
Autore/i:	Della Chiara, G.; Gervasoni, F.; Fakiola, M.; Godano, C.; D'Oria, C.; Azzolin, L.; Bonnal, R. J. P.; Moreni, G.; Drufuca, L.; Rossetti, G.; Ranzani, V.; Bason, R.; De Simone, M.; Panariello, F.; Ferrari, I.; Fabbris, T.; Zanconato, F.; Forcato, M.; Romano, O.; Caroli, J.; Gruarin, P.; Sarnicola, M. L.; Cordenonsi, M.; Bardelli, A.; Zucchini, N.; Ceretti, A. P.; Mariani, N. M.; Cassingena, A.; Sartore-Bianchi, A.; Testa, G.; Gianotti, L.; Opocher, E.; Pisati, F.; Tripodo, C.; Macino, G.; Siena, S.; Bicciato, S.; Piccolo, S.; Pagani, M.
Autore/i UNIMORE:	Della Chiara G. Gervasoni F. Fakiola M. Godano C. D'Oria C. Azzolin L. Bonnal R. J. P. Moreni G. Drufuca L. Rossetti G. Ranzani V. Bason R. De Simone M. Panariello F. Ferrari I. Fabbris T. Zanconato F. FORCATO, Mattia ROMANO, ORIANA CAROLI, JIMMY Gruarin P. Sarnicola M. L. Cordenonsi M. Bardelli A. Zucchini N. Ceretti A. P. Mariani N. M. Cassingena A. Sartore-Bianchi A. Testa G. Gianotti L. Opocher E. Pisati F. Tripodo C. Macino G. Siena S. BICCIATO, Silvio Piccolo S. Pagani M. mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-22544-y
Rivista:	NATURE COMMUNICATIONS
Volume:	12
Fascicolo:	1
Pagina iniziale:	1
Pagina finale:	18
Codice identificativo ISI:	WOS:000642509600009
Codice identificativo Scopus:	2-s2.0-85104785818
Codice identificativo Pubmed:	33879786
Citazione:	Epigenomic landscape of human colorectal cancer unveils an aberrant core of pan-cancer enhancers orchestrated by YAP/TAZ / Della Chiara, G.; Gervasoni, F.; Fakiola, M.; Godano, C.; D'Oria, C.; Azzolin, L.; Bonnal, R. J. P.; Moreni, G.; Drufuca, L.; Rossetti, G.; Ranzani, V.; Bason, R.; De Simone, M.; Panariello, F.; Ferrari, I.; Fabbris, T.; Zanconato, F.; Forcato, M.; Romano, O.; Caroli, J.; Gruarin, P.; Sarnicola, M. L.; Cordenonsi, M.; Bardelli, A.; Zucchini, N.; Ceretti, A. P.; Mariani, N. M.; Cassingena, A.; Sartore-Bianchi, A.; Testa, G.; Gianotti, L.; Opocher, E.; Pisati, F.; Tripodo, C.; Macino, G.; Siena, S.; Bicciato, S.; Piccolo, S.; Pagani, M.. - In: NATURE COMMUNICATIONS. - ISSN 2041-1723. - 12:1(2021), pp. 1-18.
Tipologia	Articolo su rivista

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