Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Methods: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Results: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10–4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10–6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028–1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09–1.26; P = 9.93 × 10–8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10–9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21–1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusions: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis / Asselta, R.; Paraboschi, E. M.; Gerussi, A.; Cordell, H. J.; Mells, G. F.; Sandford, R. N.; Jones, D. E.; Nakamura, M.; Ueno, K.; Hitomi, Y.; Kawashima, M.; Nishida, N.; Tokunaga, K.; Nagasaki, M.; Tanaka, A.; Tang, R.; Li, Z.; Shi, Y.; Liu, X.; Xiong, M.; Hirschfield, G.; Siminovitch, K. A.; Walker, E.; Xie, G.; Mason, A.; Myers, R.; Peltekian, K.; Ghent, C.; Atkinson, E.; Juran, B.; Lazaridis, K.; Lu, Y.; Gu, X.; Jing, K.; Amos, C.; Affronti, A.; Brunetto, M.; Coco, B.; Spinzi, G.; Elia, G.; Ferrari, C.; Lleo, A.; Muratori, L.; Muratori, P.; Portincasa, P.; Colli, A.; Bruno, S.; Colloredo, G.; Azzaroli, F.; Andreone, P.; Bragazzi, M.; Alvaro, D.; Cardinale, V.; Cazzagon, N.; Rigamonti, C.; Floreani, A.; Rosina, F.; Ciaccio, A.; Cristoferi, L.; D'Amato, D.; Malinverno, F.; Mancuso, C.; Massironi, S.; Milani, C.; O'Donnell, S. E.; Ronca, V.; Barisani, D.; Lampertico, P.; Donato, F.; Fagiuoli, S.; Almasio, P. L.; Giannini, E.; Cursaro, C.; Colombo, M.; Valenti, L.; Miele, L.; Andriulli, A.; Niro, G. A.; Grattagliano, I.; Morini, L.; Casella, G.; Vinci, M.; Battezzati, P. M.; Crosignani, A.; Zuin, M.; Mattalia, A.; Calvaruso, V.; Colombo, S.; Benedetti, A.; Marzioni, M.; Galli, A.; Marra, F.; Tarocchi, M.; Picciotto, A.; Morisco, F.; Fabris, L.; Croce, L. S.; Tiribelli, C.; Toniutto, P.; Strazzabosco, M.; Ch'Ng, C. L.; Rahman, M.; Yapp, T.; Sturgess, R.; Healey, C.; Czajkowski, M.; Gunasekera, A.; Gyawali, P.; Premchand, P.; Kapur, K.; Marley, R.; Foster, G.; Watson, A.; Dias, A.; Subhani, J.; Harvey, R.; Mccorry, R.; Ramanaden, D.; Gasem, J.; Evans, R.; Mathialahan, T.; Shorrock, C.; Lipscomb, G.; Southern, P.; Tibble, J.; Gorard, D.; Palegwala, A.; Jones, S.; Dawwas, M.; Alexander, G.; Dolwani, S.; Prince, M.; Foxton, M.; Elphick, D.; Mitchison, H.; Gooding, I.; Karmo, M.; Saksena, S.; Mendall, M.; Patel, M.; Ede, R.; Austin, A.; Sayer, J.; Hankey, L.; Hovell, C.; Fisher, N.; Carter, M.; Koss, K.; Piotrowicz, A.; Grimley, C.; Neal, D.; Lim, G.; Levi, S.; Ala, A.; Broad, A.; Saeed, A.; Wood, G.; Brown, J.; Wilkinson, M.; Gordon, H.; Ramage, J.; Ridpath, J.; Ngatchu, T.; Grover, B.; Shaukat, S.; Shidrawi, R.; Abouda, G.; Ali, F.; Rees, I.; Salam, I.; Narain, M.; Brown, A.; Taylor-Robinson, S.; Williams, S.; Grellier, L.; Banim, P.; Das, D.; Chilton, A.; Heneghan, M.; Curtis, H.; Gess, M.; Drake, I.; Aldersley, M.; Davies, M.; Jones, R.; Mcnair, A.; Srirajaskanthan, R.; Pitcher, M.; Sen, S.; Bird, G.; Barnardo, A.; Kitchen, P.; Yoong, K.; Chirag, O.; Sivaramakrishnan, N.; Macfaul, G.; Jones, D.; Shah, A.; Evans, C.; Saha, S.; Pollock, K.; Bramley, P.; Mukhopadhya, A.; Fraser, A.; Mills, P.; Shallcross, C.; Campbell, S.; Bathgate, A.; Shepherd, A.; Dillon, J.; Rushbrook, S.; Przemioslo, R.; Macdonald, C.; Metcalf, J.; Shmueli, U.; Davis, A.; Naqvi, A.; Lee, T.; Ryder, S. D.; Collier, J.; Klass, H.; Ninkovic, M.; Cramp, M.; Sharer, N.; Aspinall, R.; Goggin, P.; Ghosh, D.; Douds, A.; Hoeroldt, B.; Booth, J.; Williams, E.; Hussaini, H.; Stableforth, W.; Ayres, R.; Thorburn, D.; Marshall, E.; Burroughs, A.; Mann, S.; Lombard, M.; Richardson, P.; Patanwala, I.; Maltby, J.; Brookes, M.; Mathew, R.; Vyas, S.; Singhal, S.; Gleeson, D.; Misra, S.; Butterworth, J.; George, K.; Harding, T.; Douglass, A.; Panter, S.; Shearman, J.; Bray, G.; Butcher, G.; Forton, D.; Mclindon, J.; Cowan, M.; Whatley, G.; Mandal, A.; Gupta, H.; Sanghi, P.; Jain, S.; Pereira, S.; Prasad, G.; Watts, G.; Wright, M.; Neuberger, J.; Gordon, F.; Unitt, E.; Grant, A.; Delahooke, T.; Higham, A.; Brind, A.; Cox, M.; Ramakrishnan, S.; King, A.; Collins, C.; Whalley, S.; Li, A.; Fraser, J.; Bell, A.; Wong, V. S.; Singhal, A.; Gee, I.; Ang, Y.; Ransford, R.; Gotto, J.; Millson, C.; Bowles, J.; Thomas, C.; Harrison, M.; Galaska, R.; Kendall, J.; Whiteman, J.; Lawlor, C.; Gray, C.; Elliott, K.; Mulvaney-Jones, C.; Hobson, L.; Van Duyvenvoorde, G.; Loftus, A.; Seward, K.; Penn, R.; Maiden, J.; Damant, R.; Hails, J.; Cloudsdale, R.; Silvestre, V.; Glenn, S.; Dungca, E.; Wheatley, N.; Doyle, H.; Kent, M.; Hamilton, C.; Braim, D.; Wooldridge, H.; Abrahams, R.; Paton, A.; Lancaster, N.; Gibbins, A.; Hogben, K.; Desousa, P.; Muscariu, F.; Musselwhite, J.; Mckay, A.; Tan, L.; Foale, C.; Brighton, J.; Flahive, K.; Nambela, E.; Townshend, P.; Ford, C.; Holder, S.; Palmer, C.; Featherstone, J.; Nasseri, M.; Sadeghian, J.; Williams, B.; Thomas, C.; Rolls, S. -A.; Hynes, A.; Duggan, C.; Jones, S.; Crossey, M.; Stansfield, G.; Macnicol, C.; Wilkins, J.; Wilhelmsen, E.; Raymode, P.; Lee, H. -J.; Durant, E.; Bishop, R.; Ncube, N.; Tripoli, S.; Casey, R.; Cowley, C.; Miller, R.; Houghton, K.; Ducker, S.; Wright, F.; Bird, B.; Baxter, G.; Keggans, J.; Hughes, M.; Grieve, E.; Young, K.; Williams, D.; Ocker, K.; Hines, F.; Martin, K.; Innes, C.; Valliani, T.; Fairlamb, H.; Thornthwaite, S.; Eastick, A.; Tanqueray, E.; Morrison, J.; Holbrook, B.; Browning, J.; Walker, K.; Congreave, S.; Verheyden, J.; Slininger, S.; Stafford, L.; O'Donnell, D.; Ainsworth, M.; Lord, S.; Kent, L.; March, L.; Dickson, C.; Simpson, D.; Longhurst, B.; Hayes, M.; Shpuza, E.; White, N.; Besley, S.; Pearson, S.; Wright, A.; Jones, L.; Gunter, E.; Dewhurst, H.; Fouracres, A.; Farrington, L.; Graves, L.; Marriott, S.; Leoni, M.; Tyrer, D.; Martin, K.; Dali-kemmery, L.; Lambourne, V.; Green, M.; Sirdefield, D.; Amor, K.; Colley, J.; Shinder, B.; Jones, J.; Mills, M.; Carnahan, M.; Taylor, N.; Boulton, K.; Tregonning, J.; Brown, C.; Clifford, G.; Archer, E.; Hamilton, M.; Curtis, J.; Shewan, T.; Walsh, S.; Warner, K.; Netherton, K.; Mupudzi, M.; Gunson, B.; Gitahi, J.; Gocher, D.; Batham, S.; Pateman, H.; Desmennu, S.; Conder, J.; Clement, D.; Gallagher, S.; Orpe, J.; Chan, P.; Currie, L.; O'Donohoe, L.; Oblak, M.; Morgan, L.; Quinn, M.; Amey, I.; Baird, Y.; Cotterill, D.; Cumlat, L.; Winter, L.; Greer, S.; Spurdle, K.; Allison, J.; Dyer, S.; Sweeting, H.; Kordula, J.; Aiba, Y.; Nakamura, H.; Abiru, S.; Nagaoka, S.; Komori, A.; Yatsuhashi, H.; Ishibashi, H.; Ito, M.; Kawai, Y.; Kohn, S. -S.; Gervais, O.; Migita, K.; Katsushima, S.; Naganuma, A.; Sugi, K.; Komatsu, T.; Mannami, T.; Matsushita, K.; Yoshizawa, K.; Makita, F.; Nikami, T.; Nishimura, H.; Kouno, H.; Kouno, H.; Ota, H.; Komura, T.; Nakamura, Y.; Shimada, M.; Hirashima, N.; Komeda, T.; Ario, K.; Nakamuta, M.; Yamashita, T.; Furuta, K.; Kikuchi, M.; Naeshiro, N.; Takahashi, H.; Mano, Y.; Tsunematsu, S.; Yabuuchi, I.; Shimada, Y.; Yamauchi, K.; Sugimoto, R.; Sakai, H.; Mita, E.; Koda, M.; Tsuruta, S.; Kamitsukasa, H.; Sato, T.; Masaki, N.; Kobata, T.; Fukushima, N.; Higuchi, N.; Ohara, Y.; Muro, T.; Takesaki, E.; Takaki, H.; Yamamoto, T.; Kato, M.; Nagaoki, Y.; Hayashi, S.; Ishida, J.; Watanabe, Y.; Kobayashi, M.; Koga, M.; Saoshiro, T.; Yagura, M.; Hirata, K.; Takikawa, H.; Ohira, H.; Zeniya, M.; Abe, M.; Onji, M.; Kaneko, S.; Honda, M.; Arai, K.; Arinaga-Hino, T.; Hashimoto, E.; Taniai, M.; Umemura, T.; Joshita, S.; Nakao, K.; Ichikawa, T.; Shibata, H.; Yamagiwa, S.; Seike, M.; Honda, K.; Sakisaka, S.; Takeyama, Y.; Harada, M.; Senju, M.; Yokosuka, O.; Kanda, T.; Ueno, Y.; Kikuchi, K.; Ebinuma, H.; Himoto, T.; Yasunami, M.; Murata, K.; Mizokami, M.; Shimoda, S.; Miyake, Y.; Takaki, A.; Yamamoto, K.; Hirano, K.; Ichida, T.; Ido, A.; Tsubouchi, H.; Chayama, K.; Harada, K.; Nakanuma, Y.; Maehara, Y.; Taketomi, A.; Shirabe, K.; Soejima, Y.; Mori, A.; Yagi, S.; Uemoto, S.; Tanaka, T.; Yamashiki, N.; Tamura, S.; Sugawara, Y.; Kokudo, N.; Carbone, M.; Cardamone, G.; Duga, S.; Gershwin, M. E.; Seldin, M. F.; Invernizzi, P.. - In: GASTROENTEROLOGY. - ISSN 0016-5085. - 160:7(2021), pp. 2483-2495.e26. [10.1053/j.gastro.2021.02.061]
X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis
Asselta R.; Paraboschi E. M.; Gerussi A.; Cordell H. J.; Mells G. F.; Sandford R. N.; Jones D. E.; Nakamura M.; Ueno K.; Hitomi Y.; Kawashima M.; Nishida N.; Tokunaga K.; Nagasaki M.; Tanaka A.; Tang R.; Li Z.; Shi Y.; Liu X.; Xiong M.; Hirschfield G.; Siminovitch K. A.; Walker E.; Xie G.; Mason A.; Myers R.; Peltekian K.; Ghent C.; Atkinson E.; Juran B.; Lazaridis K.; Lu Y.; Gu X.; Jing K.; Amos C.; Affronti A.; Brunetto M.; Coco B.; Spinzi G.; Elia G.; Ferrari C.; Lleo A.; Muratori L.; Muratori P.; Portincasa P.; Colli A.; Bruno S.; Colloredo G.; Azzaroli F.; Andreone P. ;Bragazzi M.; Alvaro D.; Cardinale V.; Cazzagon N.; Rigamonti C.; Floreani A.; Rosina F.; Ciaccio A.; Cristoferi L.; D'Amato D.; Malinverno F.; Mancuso C.; Massironi S.; Milani C.; O'Donnell S. E.; Ronca V.; Barisani D.; Lampertico P.; Donato F.; Fagiuoli S.; Almasio P. L.; Giannini E.; Cursaro C. ;Colombo M.; Valenti L.; Miele L.; Andriulli A.; Niro G. A.; Grattagliano I.; Morini L.; Casella G.; Vinci M.; Battezzati P. M.; Crosignani A.; Zuin M.; Mattalia A.; Calvaruso V.; Colombo S.; Benedetti A.; Marzioni M.; Galli A.; Marra F.; Tarocchi M.; Picciotto A.; Morisco F.; Fabris L.; Croce L. S.; Tiribelli C.; Toniutto P.; Strazzabosco M.; Ch'ng C. L.; Rahman M.; Yapp T.; Sturgess R.; Healey C.; Czajkowski M.; Gunasekera A.; Gyawali P.; Premchand P.; Kapur K.; Marley R.; Foster G.; Watson A.; Dias A. ;Subhani J.; Harvey R.; McCorry R.; Ramanaden D.; Gasem J.; Evans R.; Mathialahan T.; Shorrock C.; Lipscomb G.; Southern P.; Tibble J.; Gorard D.; Palegwala A.; Jones S.; Dawwas M.; Alexander G.; Dolwani S.; Prince M.; Foxton M.; Elphick D.; Mitchison H.; Gooding I.; Karmo M.; Saksena S.; Mendall M.; Patel M.; Ede R.; Austin A.; Sayer J.; Hankey L.; Hovell C.; Fisher N.; Carter M.; Koss K.; Piotrowicz A.; Grimley C.; Neal D.; Lim G.; Levi S.; Ala A.; Broad A.; Saeed A.; Wood G.; Brown J.; Wilkinson M.; Gordon H.; Ramage J.; Ridpath J.; Ngatchu T.; Grover B.; Shaukat S.; Shidrawi R.; Abouda G.; Ali F.; Rees I.; Salam I.; Narain M.; Brown A.; Taylor-Robinson S.; Williams S.; Grellier L.; Banim P.; Das D.; Chilton A.; Heneghan M.; Curtis H.; Gess M.; Drake I.; Aldersley M.; Davies M.; Jones R. ;McNair A.; Srirajaskanthan R.; Pitcher M.; Sen S.; Bird G.; Barnardo A.; Kitchen P.; Yoong K.; Chirag O.; Sivaramakrishnan N.; MacFaul G.; Jones D.; Shah A.; Evans C.; Saha S.; Pollock K.; Bramley P.; Mukhopadhya A.; Fraser A.; Mills P.; Shallcross C.; Campbell S.; Bathgate A.; Shepherd A.; Dillon J.; Rushbrook S.; Przemioslo R.; Macdonald C.; Metcalf J.; Shmueli U.; Davis A.; Naqvi A.; Lee T.; Ryder S. D.; Collier J.; Klass H.; Ninkovic M.; Cramp M.; Sharer N.; Aspinall R.; Goggin P.; Ghosh D.; Douds A.; Hoeroldt B.; Booth J.; Williams E.; Hussaini H.; Stableforth W.; Ayres R.; Thorburn D.; Marshall E.; Burroughs A.; Mann S.; Lombard M.; Richardson P.; Patanwala I.; Maltby J.; Brookes M.; Mathew R.; Vyas S.; Singhal S.; Gleeson D.; Misra S.; Butterworth J.; George K.; Harding T.; Douglass A.; Panter S.; Shearman J.; Bray G.; Butcher G.; Forton D.; Mclindon J.; Cowan M.; Whatley G.; Mandal A.; Gupta H.; Sanghi P.; Jain S.; Pereira S.; Prasad G.; Watts G.; Wright M.; Neuberger J.; Gordon F.; Unitt E.; Grant A.; Delahooke T.; Higham A.; Brind A.; Cox M.; Ramakrishnan S.; King A.; Collins C.; Whalley S.; Li A.; Fraser J. ;Bell A.; Wong V. S.; Singhal A.; Gee I.; Ang Y.; Ransford R.; Gotto J.; Millson C.; Bowles J.; Thomas C.; Harrison M.; Galaska R.; Kendall J.; Whiteman J.; Lawlor C.; Gray C.; Elliott K.; Mulvaney-Jones C.; Hobson L.; Van Duyvenvoorde G.; Loftus A.; Seward K.; Penn R.; Maiden J.; Damant R.; Hails J.; Cloudsdale R.; Silvestre V.; Glenn S.; Dungca E.; Wheatley N.; Doyle H.; Kent M.; Hamilton C.; Braim D.; Wooldridge H.; Abrahams R.; Paton A.; Lancaster N.; Gibbins A.; Hogben K.; Desousa P.; Muscariu F.; Musselwhite J.; McKay A.; Tan L.; Foale C.; Brighton J.; Flahive K.; Nambela E.; Townshend P.; Ford C.; Holder S.; Palmer C.; Featherstone J.; Nasseri M.; Sadeghian J.; Williams B.; Thomas C.; Rolls S. -A.; Hynes A.; Duggan C.; Jones S.; Crossey M.; Stansfield G.; MacNicol C.; Wilkins J.; Wilhelmsen E.; Raymode P.; Lee H. -J.; Durant E.; Bishop R.; Ncube N.; Tripoli S.; Casey R.; Cowley C.; Miller R.; Houghton K.; Ducker S.; Wright F.; Bird B.; Baxter G.; Keggans J.; Hughes M.; Grieve E.; Young K.; Williams D.; Ocker K.; Hines F.; Martin K.; Innes C.; Valliani T.; Fairlamb H.; Thornthwaite S.; Eastick A.; Tanqueray E.; Morrison J.; Holbrook B.; Browning J.; Walker K.; Congreave S.; Verheyden J.; Slininger S.; Stafford L.; O'Donnell D.; Ainsworth M.; Lord S.; Kent L.; March L.; Dickson C.; Simpson D.; Longhurst B.; Hayes M.; Shpuza E.; White N.; Besley S.; Pearson S.; Wright A.; Jones L.; Gunter E.; Dewhurst H.; Fouracres A.; Farrington L.; Graves L.; Marriott S.; Leoni M.; Tyrer D.; Martin K.; Dali-kemmery L.; Lambourne V.; Green M.; Sirdefield D.; Amor K.; Colley J.; Shinder B.; Jones J. ;Mills M.; Carnahan M.; Taylor N.; Boulton K.; Tregonning J.; Brown C.; Clifford G.; Archer E.; Hamilton M.; Curtis J.; Shewan T.; Walsh S. ;Warner K.; Netherton K.; Mupudzi M.; Gunson B.; Gitahi J.; Gocher D.; Batham S.; Pateman H.; Desmennu S.; Conder J.; Clement D.; Gallagher S.; Orpe J.; Chan P.; Currie L.; O'Donohoe L.; Oblak M.; Morgan L.; Quinn M.; Amey I.; Baird Y.; Cotterill D.; Cumlat L.; Winter L.; Greer S.; Spurdle K.; Allison J.; Dyer S.; Sweeting H.; Kordula J.; Aiba Y.; Nakamura H.; Abiru S.; Nagaoka S.; Komori A.; Yatsuhashi H.; Ishibashi H.; Ito M.; Kawai Y.; Kohn S. -S.; Gervais O.; Migita K.; Katsushima S.; Naganuma A.; Sugi K.; Komatsu T.; Mannami T.; Matsushita K.; Yoshizawa K.; Makita F.; Nikami T.; Nishimura H.; Kouno H.; Kouno H.; Ota H.; Komura T.; Nakamura Y.; Shimada M.; Hirashima N.; Komeda T.; Ario K.; Nakamuta M.; Yamashita T.; Furuta K.; Kikuchi M.; Naeshiro N.; Takahashi H.; Mano Y.; Tsunematsu S.; Yabuuchi I.; Shimada Y.; Yamauchi K.; Sugimoto R.; Sakai H.; Mita E.; Koda M.; Tsuruta S.; Kamitsukasa H.; Sato T.; Masaki N.; Kobata T.; Fukushima N.; Higuchi N.; Ohara Y.; Muro T.; Takesaki E.; Takaki H.; Yamamoto T.; Kato M.; Nagaoki Y.; Hayashi S.; Ishida J.; Watanabe Y.; Kobayashi M.; Koga M.; Saoshiro T.; Yagura M.; Hirata K.; Takikawa H.; Ohira H.; Zeniya M.; Abe M.; Onji M.; Kaneko S.; Honda M.; Arai K.; Arinaga-Hino T.; Hashimoto E.; Taniai M.; Umemura T.; Joshita S.; Nakao K.; Ichikawa T.; Shibata H.; Yamagiwa S.; Seike M.; Honda K.; Sakisaka S.; Takeyama Y.; Harada M.; Senju M.; Yokosuka O.; Kanda T.; Ueno Y.; Kikuchi K.; Ebinuma H.; Himoto T.; Yasunami M.; Murata K.; Mizokami M.; Shimoda S.; Miyake Y.; Takaki A.; Yamamoto K.; Hirano K.; Ichida T.; Ido A.; Tsubouchi H.; Chayama K.; Harada K.; Nakanuma Y.; Maehara Y.; Taketomi A.; Shirabe K.; Soejima Y.; Mori A.; Yagi S.; Uemoto S.; Tanaka T.; Yamashiki N.; Tamura S.; Sugawara Y.; Kokudo N.; Carbone M.; Cardamone G.; Duga S.; Gershwin M. E.; Seldin M. F.; Invernizzi P.
2021
Abstract
Background & Aims: Genome-wide association studies in primary biliary cholangitis (PBC) have failed to find X chromosome (chrX) variants associated with the disease. Here, we specifically explore the chrX contribution to PBC, a sexually dimorphic complex autoimmune disease. Methods: We performed a chrX-wide association study, including genotype data from 5 genome-wide association studies (from Italy, United Kingdom, Canada, China, and Japan; 5244 case patients and 11,875 control individuals). Results: Single-marker association analyses found approximately 100 loci displaying P < 5 × 10–4, with the most significant being a signal within the OTUD5 gene (rs3027490; P = 4.80 × 10–6; odds ratio [OR], 1.39; 95% confidence interval [CI], 1.028–1.88; Japanese cohort). Although the transethnic meta-analysis evidenced only a suggestive signal (rs2239452, mapping within the PIM2 gene; OR, 1.17; 95% CI, 1.09–1.26; P = 9.93 × 10–8), the population-specific meta-analysis showed a genome-wide significant locus in East Asian individuals pointing to the same region (rs7059064, mapping within the GRIPAP1 gene; P = 6.2 × 10–9; OR, 1.33; 95% CI, 1.21–1.46). Indeed, rs7059064 tags a unique linkage disequilibrium block including 7 genes: TIMM17B, PQBP1, PIM2, SLC35A2, OTUD5, KCND1, and GRIPAP1, as well as a superenhancer (GH0XJ048933 within OTUD5) targeting all these genes. GH0XJ048933 is also predicted to target FOXP3, the main T-regulatory cell lineage specification factor. Consistently, OTUD5 and FOXP3 RNA levels were up-regulated in PBC case patients (1.75- and 1.64-fold, respectively). Conclusions: This work represents the first comprehensive study, to our knowledge, of the chrX contribution to the genetics of an autoimmune liver disease and shows a novel PBC-related genome-wide significant locus.
Citazione
X Chromosome Contribution to the Genetic Architecture of Primary Biliary Cholangitis / Asselta, R.; Paraboschi, E. M.; Gerussi, A.; Cordell, H. J.; Mells, G. F.; Sandford, R. N.; Jones, D. E.; Nakamura, M.; Ueno, K.; Hitomi, Y.; Kawashima, M.; Nishida, N.; Tokunaga, K.; Nagasaki, M.; Tanaka, A.; Tang, R.; Li, Z.; Shi, Y.; Liu, X.; Xiong, M.; Hirschfield, G.; Siminovitch, K. A.; Walker, E.; Xie, G.; Mason, A.; Myers, R.; Peltekian, K.; Ghent, C.; Atkinson, E.; Juran, B.; Lazaridis, K.; Lu, Y.; Gu, X.; Jing, K.; Amos, C.; Affronti, A.; Brunetto, M.; Coco, B.; Spinzi, G.; Elia, G.; Ferrari, C.; Lleo, A.; Muratori, L.; Muratori, P.; Portincasa, P.; Colli, A.; Bruno, S.; Colloredo, G.; Azzaroli, F.; Andreone, P.; Bragazzi, M.; Alvaro, D.; Cardinale, V.; Cazzagon, N.; Rigamonti, C.; Floreani, A.; Rosina, F.; Ciaccio, A.; Cristoferi, L.; D'Amato, D.; Malinverno, F.; Mancuso, C.; Massironi, S.; Milani, C.; O'Donnell, S. E.; Ronca, V.; Barisani, D.; Lampertico, P.; Donato, F.; Fagiuoli, S.; Almasio, P. L.; Giannini, E.; Cursaro, C.; Colombo, M.; Valenti, L.; Miele, L.; Andriulli, A.; Niro, G. A.; Grattagliano, I.; Morini, L.; Casella, G.; Vinci, M.; Battezzati, P. M.; Crosignani, A.; Zuin, M.; Mattalia, A.; Calvaruso, V.; Colombo, S.; Benedetti, A.; Marzioni, M.; Galli, A.; Marra, F.; Tarocchi, M.; Picciotto, A.; Morisco, F.; Fabris, L.; Croce, L. S.; Tiribelli, C.; Toniutto, P.; Strazzabosco, M.; Ch'Ng, C. L.; Rahman, M.; Yapp, T.; Sturgess, R.; Healey, C.; Czajkowski, M.; Gunasekera, A.; Gyawali, P.; Premchand, P.; Kapur, K.; Marley, R.; Foster, G.; Watson, A.; Dias, A.; Subhani, J.; Harvey, R.; Mccorry, R.; Ramanaden, D.; Gasem, J.; Evans, R.; Mathialahan, T.; Shorrock, C.; Lipscomb, G.; Southern, P.; Tibble, J.; Gorard, D.; Palegwala, A.; Jones, S.; Dawwas, M.; Alexander, G.; Dolwani, S.; Prince, M.; Foxton, M.; Elphick, D.; Mitchison, H.; Gooding, I.; Karmo, M.; Saksena, S.; Mendall, M.; Patel, M.; Ede, R.; Austin, A.; Sayer, J.; Hankey, L.; Hovell, C.; Fisher, N.; Carter, M.; Koss, K.; Piotrowicz, A.; Grimley, C.; Neal, D.; Lim, G.; Levi, S.; Ala, A.; Broad, A.; Saeed, A.; Wood, G.; Brown, J.; Wilkinson, M.; Gordon, H.; Ramage, J.; Ridpath, J.; Ngatchu, T.; Grover, B.; Shaukat, S.; Shidrawi, R.; Abouda, G.; Ali, F.; Rees, I.; Salam, I.; Narain, M.; Brown, A.; Taylor-Robinson, S.; Williams, S.; Grellier, L.; Banim, P.; Das, D.; Chilton, A.; Heneghan, M.; Curtis, H.; Gess, M.; Drake, I.; Aldersley, M.; Davies, M.; Jones, R.; Mcnair, A.; Srirajaskanthan, R.; Pitcher, M.; Sen, S.; Bird, G.; Barnardo, A.; Kitchen, P.; Yoong, K.; Chirag, O.; Sivaramakrishnan, N.; Macfaul, G.; Jones, D.; Shah, A.; Evans, C.; Saha, S.; Pollock, K.; Bramley, P.; Mukhopadhya, A.; Fraser, A.; Mills, P.; Shallcross, C.; Campbell, S.; Bathgate, A.; Shepherd, A.; Dillon, J.; Rushbrook, S.; Przemioslo, R.; Macdonald, C.; Metcalf, J.; Shmueli, U.; Davis, A.; Naqvi, A.; Lee, T.; Ryder, S. D.; Collier, J.; Klass, H.; Ninkovic, M.; Cramp, M.; Sharer, N.; Aspinall, R.; Goggin, P.; Ghosh, D.; Douds, A.; Hoeroldt, B.; Booth, J.; Williams, E.; Hussaini, H.; Stableforth, W.; Ayres, R.; Thorburn, D.; Marshall, E.; Burroughs, A.; Mann, S.; Lombard, M.; Richardson, P.; Patanwala, I.; Maltby, J.; Brookes, M.; Mathew, R.; Vyas, S.; Singhal, S.; Gleeson, D.; Misra, S.; Butterworth, J.; George, K.; Harding, T.; Douglass, A.; Panter, S.; Shearman, J.; Bray, G.; Butcher, G.; Forton, D.; Mclindon, J.; Cowan, M.; Whatley, G.; Mandal, A.; Gupta, H.; Sanghi, P.; Jain, S.; Pereira, S.; Prasad, G.; Watts, G.; Wright, M.; Neuberger, J.; Gordon, F.; Unitt, E.; Grant, A.; Delahooke, T.; Higham, A.; Brind, A.; Cox, M.; Ramakrishnan, S.; King, A.; Collins, C.; Whalley, S.; Li, A.; Fraser, J.; Bell, A.; Wong, V. S.; Singhal, A.; Gee, I.; Ang, Y.; Ransford, R.; Gotto, J.; Millson, C.; Bowles, J.; Thomas, C.; Harrison, M.; Galaska, R.; Kendall, J.; Whiteman, J.; Lawlor, C.; Gray, C.; Elliott, K.; Mulvaney-Jones, C.; Hobson, L.; Van Duyvenvoorde, G.; Loftus, A.; Seward, K.; Penn, R.; Maiden, J.; Damant, R.; Hails, J.; Cloudsdale, R.; Silvestre, V.; Glenn, S.; Dungca, E.; Wheatley, N.; Doyle, H.; Kent, M.; Hamilton, C.; Braim, D.; Wooldridge, H.; Abrahams, R.; Paton, A.; Lancaster, N.; Gibbins, A.; Hogben, K.; Desousa, P.; Muscariu, F.; Musselwhite, J.; Mckay, A.; Tan, L.; Foale, C.; Brighton, J.; Flahive, K.; Nambela, E.; Townshend, P.; Ford, C.; Holder, S.; Palmer, C.; Featherstone, J.; Nasseri, M.; Sadeghian, J.; Williams, B.; Thomas, C.; Rolls, S. -A.; Hynes, A.; Duggan, C.; Jones, S.; Crossey, M.; Stansfield, G.; Macnicol, C.; Wilkins, J.; Wilhelmsen, E.; Raymode, P.; Lee, H. -J.; Durant, E.; Bishop, R.; Ncube, N.; Tripoli, S.; Casey, R.; Cowley, C.; Miller, R.; Houghton, K.; Ducker, S.; Wright, F.; Bird, B.; Baxter, G.; Keggans, J.; Hughes, M.; Grieve, E.; Young, K.; Williams, D.; Ocker, K.; Hines, F.; Martin, K.; Innes, C.; Valliani, T.; Fairlamb, H.; Thornthwaite, S.; Eastick, A.; Tanqueray, E.; Morrison, J.; Holbrook, B.; Browning, J.; Walker, K.; Congreave, S.; Verheyden, J.; Slininger, S.; Stafford, L.; O'Donnell, D.; Ainsworth, M.; Lord, S.; Kent, L.; March, L.; Dickson, C.; Simpson, D.; Longhurst, B.; Hayes, M.; Shpuza, E.; White, N.; Besley, S.; Pearson, S.; Wright, A.; Jones, L.; Gunter, E.; Dewhurst, H.; Fouracres, A.; Farrington, L.; Graves, L.; Marriott, S.; Leoni, M.; Tyrer, D.; Martin, K.; Dali-kemmery, L.; Lambourne, V.; Green, M.; Sirdefield, D.; Amor, K.; Colley, J.; Shinder, B.; Jones, J.; Mills, M.; Carnahan, M.; Taylor, N.; Boulton, K.; Tregonning, J.; Brown, C.; Clifford, G.; Archer, E.; Hamilton, M.; Curtis, J.; Shewan, T.; Walsh, S.; Warner, K.; Netherton, K.; Mupudzi, M.; Gunson, B.; Gitahi, J.; Gocher, D.; Batham, S.; Pateman, H.; Desmennu, S.; Conder, J.; Clement, D.; Gallagher, S.; Orpe, J.; Chan, P.; Currie, L.; O'Donohoe, L.; Oblak, M.; Morgan, L.; Quinn, M.; Amey, I.; Baird, Y.; Cotterill, D.; Cumlat, L.; Winter, L.; Greer, S.; Spurdle, K.; Allison, J.; Dyer, S.; Sweeting, H.; Kordula, J.; Aiba, Y.; Nakamura, H.; Abiru, S.; Nagaoka, S.; Komori, A.; Yatsuhashi, H.; Ishibashi, H.; Ito, M.; Kawai, Y.; Kohn, S. -S.; Gervais, O.; Migita, K.; Katsushima, S.; Naganuma, A.; Sugi, K.; Komatsu, T.; Mannami, T.; Matsushita, K.; Yoshizawa, K.; Makita, F.; Nikami, T.; Nishimura, H.; Kouno, H.; Kouno, H.; Ota, H.; Komura, T.; Nakamura, Y.; Shimada, M.; Hirashima, N.; Komeda, T.; Ario, K.; Nakamuta, M.; Yamashita, T.; Furuta, K.; Kikuchi, M.; Naeshiro, N.; Takahashi, H.; Mano, Y.; Tsunematsu, S.; Yabuuchi, I.; Shimada, Y.; Yamauchi, K.; Sugimoto, R.; Sakai, H.; Mita, E.; Koda, M.; Tsuruta, S.; Kamitsukasa, H.; Sato, T.; Masaki, N.; Kobata, T.; Fukushima, N.; Higuchi, N.; Ohara, Y.; Muro, T.; Takesaki, E.; Takaki, H.; Yamamoto, T.; Kato, M.; Nagaoki, Y.; Hayashi, S.; Ishida, J.; Watanabe, Y.; Kobayashi, M.; Koga, M.; Saoshiro, T.; Yagura, M.; Hirata, K.; Takikawa, H.; Ohira, H.; Zeniya, M.; Abe, M.; Onji, M.; Kaneko, S.; Honda, M.; Arai, K.; Arinaga-Hino, T.; Hashimoto, E.; Taniai, M.; Umemura, T.; Joshita, S.; Nakao, K.; Ichikawa, T.; Shibata, H.; Yamagiwa, S.; Seike, M.; Honda, K.; Sakisaka, S.; Takeyama, Y.; Harada, M.; Senju, M.; Yokosuka, O.; Kanda, T.; Ueno, Y.; Kikuchi, K.; Ebinuma, H.; Himoto, T.; Yasunami, M.; Murata, K.; Mizokami, M.; Shimoda, S.; Miyake, Y.; Takaki, A.; Yamamoto, K.; Hirano, K.; Ichida, T.; Ido, A.; Tsubouchi, H.; Chayama, K.; Harada, K.; Nakanuma, Y.; Maehara, Y.; Taketomi, A.; Shirabe, K.; Soejima, Y.; Mori, A.; Yagi, S.; Uemoto, S.; Tanaka, T.; Yamashiki, N.; Tamura, S.; Sugawara, Y.; Kokudo, N.; Carbone, M.; Cardamone, G.; Duga, S.; Gershwin, M. E.; Seldin, M. F.; Invernizzi, P.. - In: GASTROENTEROLOGY. - ISSN 0016-5085. - 160:7(2021), pp. 2483-2495.e26. [10.1053/j.gastro.2021.02.061]
Non ci sono file associati a questo prodotto.
Sei sicuro che questo prodotto debba essere cancellato?
La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. L’Università di Modena e Reggio Emilia non si assume alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione.
