The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management.

Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity / Fallerini, C.; Picchiotti, N.; Baldassarri, M.; Zguro, K.; Daga, S.; Fava, F.; Benetti, E.; Amitrano, S.; Bruttini, M.; Palmieri, M.; Croci, S.; Lista, M.; Beligni, G.; Valentino, F.; Meloni, I.; Tanfoni, M.; Minnai, F.; Colombo, F.; Cabri, E.; Fratelli, M.; Gabbi, C.; Mantovani, S.; Frullanti, E.; Gori, M.; Crawley, F. P.; Butler-Laporte, G.; Richards, B.; Zeberg, H.; Lipcsey, M.; Hultstrom, M.; Ludwig, K. U.; Schulte, E. C.; Pairo-Castineira, E.; Baillie, J. K.; Schmidt, A.; Frithiof, R.; Mari, F.; Renieri, A.; Furini, S.; Montagnani, F.; Tumbarello, M.; Rancan, I.; Fabbiani, M.; Rossetti, B.; Bergantini, L.; D'Alessandro, M.; Cameli, P.; Bennett, D.; Anedda, F.; Marcantonio, S.; Scolletta, S.; Franchi, F.; Mazzei, M. A.; Guerrini, S.; Conticini, E.; Cantarini, L.; Frediani, B.; Tacconi, D.; Raffaelli, C. S.; Feri, M.; Donati, A.; Scala, R.; Guidelli, L.; Spargi, G.; Corridi, M.; Nencioni, C.; Croci, L.; Caldarelli, G. P.; Spagnesi, M.; Romani, D.; Piacentini, P.; Bandini, M.; Desanctis, E.; Cappelli, S.; Canaccini, A.; Verzuri, A.; Anemoli, V.; Pisani, M.; Ognibene, A.; Pancrazzi, A.; Lorubbio, M.; Vaghi, M.; Monforte, A. D.; Miraglia, F. G.; Mondelli, M. U.; Girardis, M.; Venturelli, S.; Busani, S.; Cossarizza, A.; Antinori, A.; Vergori, A.; Emiliozzi, A.; Rusconi, S.; Siano, M.; Gabrieli, A.; Riva, A.; Francisci, D.; Schiaroli, E.; Paciosi, F.; Tommasi, A.; Scotton, P. G.; Andretta, F.; Panese, S.; Baratti, S.; Scaggiante, R.; Gatti, F.; Parisi, S. G.; Castelli, F.; Quiros-Roldan, E.; Antoni, M. D.; Zanella, I.; Monica, M. D.; Piscopo, C.; Capasso, M.; Russo, R.; Andolfo, I.; Iolascon, A.; Fiorentino, G.; Carella, M.; Castori, M.; Aucella, F.; Raggi, P.; Perna, R.; Bassetti, M.; Biagio, A. D.; Sanguinetti, M.; Masucci, L.; Guarnaccia, A.; Valente, S.; Vivo, O. D.; Doddato, G.; Tita, R.; Giliberti, A.; Mencarelli, M. A.; Rizzo, C. L.; Pinto, A. M.; Perticaroli, V.; Ariani, F.; Carriero, M. L.; Sarno, L. D.; Alaverdian, D.; Bargagli, E.; Mandala, M.; Giorli, A.; Salerni, L.; Zucchi, P.; Parravicini, P.; Menatti, E.; Trotta, T.; Giannattasio, F.; Coiro, G.; Lena, F.; Lacerenza, L. G.; Coviello, D. A.; Mussini, C.; Martinelli, E.; Mancarella, S.; Tavecchia, L.; Belli, M. A.; Crotti, L.; Parati, G.; Sanarico, M.; Raimondi, F.; Biscarini, F.; Stella, A.; Rizzi, M.; Maggiolo, F.; Ripamonti, D.; Suardi, C.; Bachetti, T.; Rovere, M. T. L.; Sarzi-Braga, S.; Bussotti, M.; Capitani, K.; Dei, S.; Ravaglia, S.; Artuso, R.; Andreucci, E.; Gori, G.; Pagliazzi, A.; Fiorentini, E.; Perrella, A.; Bianchi, F.; Bergomi, P.; Catena, E.; Colombo, R.; Luchi, S.; Morelli, G.; Petrocelli, P.; Iacopini, S.; Modica, S.; Baroni, S.; Segala, F. V.; Menichetti, F.; Falcone, M.; Tiseo, G.; Barbieri, C.; Matucci, T.; Grassi, D.; Ferri, C.; Marinangeli, F.; Brancati, F.; Vincenti, A.; Borgo, V.; Stefania, L.; Lenzi, M.; Pietro, M. A. D.; Vichi, F.; Romanin, B.; Attala, L.; Costa, C.; Gabbuti, A.; Roberto, M.; Zuccon, U.; Vietri, L.; Ceri, S.; Pinoli, P.; Casprini, P.; Merla, G.; Squeo, G. M.; Maffezzoni, M.; Bruno, R.; Vecchia, M.; Colaneri, M.; Ludovisi, S.; Marincevic-Zuniga, Y.; Nordlund, J.; Luther, T.; Larsson, A.; Hanslin, K.; Gradin, A.; Galien, S.; Anderberg, S. B.; Rosen, J.; Rubertsson, S.; Clohisey, S.; Horby, P.; Millar, J.; Knight, J.; Montgomery, H.; Maslove, D.; Ling, L.; Nichol, A.; Summers, C.; Walsh, T.; Hinds, C.; Semple, M. G.; Openshaw, P. J. M.; Shankar-Hari, M.; Ho, A.; Mcauley, D.; Ponting, C.; Rowan, K.; Griffiths, F.; Oosthuyzen, W.; Meikle, J.; Finernan, P.; Furniss, J.; Mcmaster, E.; Law, A.; Paterson, T.; Wackett, T.; Armstrong, R.; Murphy, L.; Fawkes, A.; Clark, R.; Coutts, A.; Donnelly, L.; Gilchrist, T.; Hafezi, K.; Macgillivray, L.; Maclean, A.; Mccafferty, S.; Morrice, K.; Weaver, J.; Boz, C.; Golightly, A.; Ward, M.; Mal, H.; Szoor-McElhinney, H.; Brown, A.; Hendry, R.; Stenhouse, A.; Cullum, L.; Law, D.; Law, S.; Law, R.; Swets, M.; Day, N.; Taneski, F.; Duncan, E.; Zechner, M.; Parkinson, N.; Klaric, L.; Bretherick, A. D.; Rawlik, K.; Pasko, D.; Walker, S.; Fourman, M. H.; Russell, C. D.; Richmond, A.; Gountouna, E.; Harrison, D.; Wang, B.; Wu, Y.; Meynert, A.; Kousathanas, A.; Moutsianas, L.; Yang, Z.; Zhai, R.; Zheng, C.; Grimes, G.; Shih, B.; Yang, J.; Shen, X.; Ponting, C. P.; Tenesa, A.; Vitart, V.; Wilson, J. F.; Collier, D.; Wood, S.; Zak, A.; Borra, C.; Matharu, M.; May, P.; Alldis, Z.; Mitchelmore, O.; Bowles, R.; Easthorpe, A.; Bibi, F.; Lancoma-Malcolm, I.; Gurasashvili, J.; Pheby, J.; Shiel, J.; Bolton, M.; Patel, M.; Taylor, M.; Zongo, O.; Ebano, P.; Harding, P.; Astin-Chamberlain, R.; Choudhury, Y.; Cox, A.; Kallon, D.; Burton, M.; Hall, R.; Blowes, S.; Prime, Z.; Biddle, J.; Prysyazhna, O.; Newman, T.; Tierney, C.; Kassam, J.; Shankar-Hari, M.; Ostermann, M.; Campos, S.; Bociek, A.; Lim, R.; Grau, N.; Jones, T. O.; Whitton, C.; Marotti, M.; Arbane, G.; Bonner, S.; Hugill, K.; Reid, J.; Welters, I.; Waugh, V.; Williams, K.; Shaw, D.; Fernandez Roman, J.; Lopez Martinez, M.; Johnson, E.; Waite, A.; Johnson, B.; Hamilton, O.; Mulla, S.; Mcphail, M.; Smith, J.; Barclay, L.; Hope, D.; Mcculloch, C.; Mcquillan, L.; Clark, S.; Singleton, J.; Priestley, K.; Rea, N.; Callaghan, M.; Campbell, R.; Andrew, G.; Marshall, L.; Mckechnie, S.; Hutton, P.; Bashyal, A.; Davidson, N.; Summers, C.; Polgarova, P.; Stroud, K.; Pathan, N.; Elston, K.; Agrawal, S.; Battle, C.; Newey, L.; Rees, T.; Harford, R.; Brinkworth, E.; Williams, M.; Murphy, C.; White, I.; Croft, M.; Bandla, N.; Gellamucho, M.; Tomlinson, J.; Turner, H.; Davies, M.; Quinn, A.; Hussain, I.; Thompson, C.; Parker, H.; Bradley, R.; Griffiths, R.; Scriven, J.; Gill, J.; Puxty, A.; Cathcart, S.; Salutous, D.; Turner, L.; Duffy, K.; Puxty, K.; Joseph, A.; Herdman-Grant, R.; Simms, R.; Swain, A.; Naranjo, A.; Crowe, R.; Sollesta, K.; Loveridge, A.; Baptista, D.; Morino, E.; Davey, M.; Golden, D.; Jones, J.; Moreno Cuesta, J.; Haldeos, A.; Bakthavatsalam, D.; Vincent, R.; Elhassan, M.; Xavier, K.; Ganesan, A.; Purohit, D.; Abdelrazik, M.; Morgan, J.; Akeroyd, L.; Bano, S.; Warren, D.; Bromley, M.; Sellick, K.; Gurr, L.; Wilkinson, B.; Nagarajan, V.; Szedlak, P.; Cupitt, J.; Stoddard, E.; Benham, L.; Preston, S.; Slawson, N.; Bradshaw, Z.; Brown, J.; Caswell, M.; Melling, S.; Bamford, P.; Faulkner, M.; Cawley, K.; Jeffrey, H.; London, E.; Sainsbury, H.; Nagra, I.; Nasir, F.; Dunmore, C.; Jones, R.; Abraheem, A.; Al-Moasseb, M.; Girach, R.; Brantwood, C.; Alexander, P.; Bradley-Potts, J.; Allen, S.; Felton, T.; Manna, S.; Farnell-Ward, S.; Leaver, S.; Queiroz, J.; Maccacari, E.; Dawson, D.; Castro Delgado, C.; Pepermans Saluzzio, R.; Ezeobu, O.; Ding, L.; Sicat, C.; Kanu, R.; Durrant, G.; Texeira, J.; Harrison, A.; Samakomva, T.; Willis, H.; Hopkins, B.; Thrasyvoulou, L.; Jackson, M.; Zaki, A.; Tibke, C.; Bennett, S.; Woodyatt, W.; Kent, A.; Goodwin, E.; Brandwood, C.; Clark, R.; Smit, L.; Rooney, K.; Thomson, N.; Rodden, N.; Hughes, E.; Mcglynn, D.; Clark, C.; Clark, P.; Abel, L.; Sundaram, R.; Gemmell, L.; Brett, M.; Hornsby, J.; Macgoey, P.; Price, R.; Digby, B.; O'Neil, P.; Mcconnell, P.; Henderson, P.; Henderson, S.; Sim, M.; Kennedy-Hay, S.; Mcparland, C.; Rooney, L.; Baxter, N.; Pogson, D.; Rose, S.; Daly, Z.; Brimfield, L.; Phull, M. K.; Hussain, M.; Pogreban, T.; Rosaroso, L.; Salciute, E.; Grauslyte, L.; Brealey, D.; Wraith, E.; Maccallum, N.; Bercades, G.; Hass, I.; Smyth, D.; Reyes, A.; Martir, G.; Clement, I. D.; Webster, K.; Hays, C.; Gulati, A.; Hodgson, L.; Margarson, M.; Gomez, R.; Baird, Y.; Thirlwall, Y.; Folkes, L.; Butler, A.; Meadows, E.; Moore, S.; Raynard, D.; Fox, H.; Riddles, L.; King, K.; Kimber, S.; Hobden, G.; Mccarthy, A.; Cannons, V.; Balagosa, I.; Chadbourn, I.; Gardner, A.; Horner, D.; Mclaughlanv, D.; Charles, B.; Proudfoot, N.; Marsden, T.; Mcmorrow, L.; Blackledge, B.; Pendlebury, J.; Harvey, A.; Apetri, E.; Basikolo, C.; Catlow, L.; Doonan, R.; Knowles, K.; Lee, S.; Lomas, D.; Lyons, C.; Perez, J.; Poulaka, M.; Slaughter, M.; Slevin, K.; Taylor, M.; Thomas, V.; Walker, D.; Harris, J.; Drummond, A.; Tully, R.; Dearden, J.; Philbin, J.; Munt, S.; Rishton, C.; O'Connor, G.; Mulcahy, M.; Dobson, E.; Cuttler, J.; Edward, M.; Rose, A.; Sloan, B.; Buckley, S.; Brooke, H.; Smithson, E.; Charlesworth, R.; Sandu, R.; Thirumaran, M.; Wagstaff, V.; Cebrian Suarez, J.; Kaliappan, A.; Vertue, M.; Nicholson, A.; Riches, J.; Solesbury, A.; Kittridge, L.; Forsey, M.; Maloney, G.; Cole, J.; Davies, M.; Davies, R.; Hill, H.; Thomas, E.; Williams, A.; Duffin, D.; Player, B.; Radhakrishnan, J.; Gibson, S.; Lyle, A.; Mcneela, F.; Patel, B.; Gummadi, M.; Sloane, G.; Dormand, N.; Salmi, S.; Farzad, Z.; Cristiano, D.; Liyanage, K.; Thwaites, V.; Varghese, M.; Meredith, M.; Mills, G.; Willson, J.; Harrington, K.; Lenagh, B.; Cawthron, K.; Masuko, S.; Raithatha, A.; Bauchmuller, K.; Ahmad, N.; Barker, J.; Jackson, Y.; Kibutu, F.; Bird, S.; Watson, G.; Martin, J.; Bevan, E.; Wrey Brown, C.; Trodd, D.; English, K.; Bell, G.; Wilcox, L.; Katary, A.; Gopal, S.; Lake, V.; Harris, N.; Metherell, S.; Radford, E.; Scriven, J.; Moore, F.; Bancroft, H.; Daglish, J.; Sangombe, M.; Carmody, M.; Rhodes, J.; Bellamy, M.; Garg, A.; Kuravi, A.; Virgilio, E.; Ranga, P.; Butler, J.; Botfield, L.; Dexter, C.; Fletcher, J.; Shanmugasundaram, P.; Hambrook, G.; Burn, I.; Manso, K.; Thornton, D.; Tebbutt, J.; Penn, R.; Hulme, J.; Hussain, S.; Maqsood, Z.; Joseph, S.; Colley, J.; Hayes, A.; Ahmed, C.; Haque, R.; Clamp, S.; Kumar, R.; Purewal, M.; Baines, B.; Frise, M.; Jacques, N.; Coles, H.; Caterson, J.; Gurung Rai, S.; Brunton, M.; Tilney, E.; Keating, L.; Walden, A.; Antcliffe, D.; Gordon, A.; Templeton, M.; Rojo, R.; Banach, D.; Sousa Arias, S.; Fernandez, Z.; Coghlan, P.; Williams, D.; Jardine, C.; Bewley, J.; Sweet, K.; Grimmer, L.; Johnson, R.; Garland, Z.; Gumbrill, B.; Phillips, C.; Ortiz-Ruiz de Gordoa, L.; Peasgood, E.; Tridente, A.; Shuker, K.; Greer, S.; Lynch, C.; Pothecary, C.; Deacon, B.; Turner, K.; Singh, J.; Sera Howe, G.; Paul, P.; Gill, M.; Wynter, I.; Ratnam, V.; Shelton, S.; Naisbitt, J.; Melville, J.; Baruah, R.; Morrison, S.; Mcgregor, A.; Parris, V.; Mpelembue, M.; Srikaran, S.; Dennis, C.; Sukha, A.; Williams, A.; Verlande, M.; Holding, K.; Riches, K.; Downes, C.; Swan, C.; Rostron, A.; Roy, A.; Woods, L.; Cornell, S.; Wakinshaw, F.; Creagh-Brown, B.; Blackman, H.; Salberg, A.; Smith, E.; Donlon, S.; Mtuwa, S.; Michalak-Glinska, N.; Stone, S.; Beazley, C.; Pristopan, V.; Nikitas, N.; Lankester, L.; Wells, C.; Raj, A. S.; Fletcher, K.; Khade, R.; Tsinaslanidis, G.; Mcmahon, M.; Fowler, S.; Coventry, T.; Stewart, R.; Wren, L.; Mwaura, E.; Mew, L.; Rose, A.; Scaletta, D.; Williams, F.; Inweregbu, K.; Nicholson, A.; Lancaster, N.; Cunningham, M.; Daniels, A.; Harrison, L.; Hope, S.; Jones, S.; Crew, A.; Wray, G.; Matthews, J.; Crawley, R.; Carter, J.; Birkinshaw, I.; Ingham, J.; Scott, Z.; Howard, K.; Joy, R.; Roche, S.; Clark, M.; Purvis, S.; Morrison, A.; Strachan, D.; Taylor, M.; Clements, S.; Black, K.; Parmar, C.; Altabaibeh, A.; Simpson, K.; Mostoles, L.; Gilbert, K.; Ma, L.; Alvaro, A.; Thomas, M.; Faulkner, B.; Worner, R.; Hayes, K.; Gendall, E.; Blakemore, H.; Borislavova, B.; Goff, E.; Vuylsteke, A.; Mwaura, L.; Zamikula, J.; Garner, L.; Mitchell, A.; Mepham, S.; Cagova, L.; Fofano, A.; Holcombe, H.; Praman, K.; Szakmany, T.; Heron, A. E.; Cherian, S.; Cutler, S.; Roynon-Reed, A.; Randell, G.; Convery, K.; Stammers, K.; Fottrell-Gould, D.; Hudig, L.; Keshetprice, J.; Peters, M.; O'Neill, L.; Ray, S.; Belfield, H.; Mchugh, T.; Jones, G.; Akinkugbe, O.; Tomas, A.; Abaleke, E.; Beech, E.; Meghari, H.; Yussuf, S.; Bamford, A.; Hairsine, B.; Dooks, E.; Farquhar, F.; Packham, S.; Bates, H.; Mcparland, C.; Armstrong, L.; Kaye, C.; Allan, A.; Medhora, J.; Liew, J.; Botello, A.; Anderson, F.; Cusack, R.; Golding, H.; Prager, K.; Williams, T.; Leggett, S.; Golder, K.; Male, M.; Jones, O.; Criste, K.; Marani, M.; Anumakonda, V.; Amin, V.; Karthik, K.; Kausar, R.; Anastasescu, E.; Reid, K.; Jacqui, M.; Hormis, A.; Walker, R.; Collier, D.; Duncan, T.; Uriel, A.; Ustianowski, A.; T-Michael, H.; Bruce, M.; Connolly, K.; Smith, K.; Partridge, R.; Griffin, D.; Mcdonald, M.; Muchenje, N.; Martin, D.; Filipe, H.; Eastgate, C.; Jackson, C.; Gratrix, A.; Foster, L.; Martinson, V.; Stones, E.; Abernathy, C.; Parkinson, P.; Reed, A.; Prendergast, C.; Rogers, P.; Woodruff, M.; Shokkar, R.; Kaul, S.; Barron, A.; Collins, C.; Beavis, S.; Whileman, A.; Dale, K.; Hawes, J.; Pritchard, K.; Gascoyne, R.; Stevenson, L.; Jha, R.; Lim, L.; Krishnamurthy, V.; Parker, R.; Turner-Bone, I.; Wilding, L.; Reddy, A.; Whiteley, S.; Wilby, E.; Howcroft, C.; Aspinwall, A.; Charlton, S.; Ogg, B.; Menzies, D.; Pugh, R.; Allan, E.; Lean, R.; Davies, F.; Easton, J.; Qiu, X.; Kumar, S.; Darlington, K.; Houston, G.; O'Brien, P.; Geary, T.; Allan, J.; Meikle, A.; Hughes, G.; Balasubramaniam, M.; Latham, S.; Mckenna, E.; Flanagan, R.; Sathe, S.; Davies, E.; Roche, L.; Chablani, M.; Kirkby, A.; Netherton, K.; Archer, S.; Yates, B.; Ashbrook-Raby, C.; Cole, S.; Casey, M.; Cabrelli, L.; Chapman, S.; Casey, M.; Austin, P.; Hutcheon, A.; Whyte, C.; Almaden-Boyle, C.; Pattison, N.; Cruz, C.; Vochin, A.; Kent, H.; Thomas, A.; Murdoch, S.; David, B.; Penacerrada, M.; Lubimbi, G.; Bastion, V.; Wulandari, R.; Valentine, J.; Clarke, D.; Serrano-Ruiz, A.; Hierons, S.; Ramos, L.; Demetriou, C.; Mitchard, S.; White, K.; White, N.; Pitts, S.; Branney, D.; Frankham, J.; Watters, M.; Langton, H.; Prout, R.; Page, V.; Varghes, T.; Cowton, A.; Kay, A.; Potts, K.; Birt, M.; Kent, M.; Wilkinson, A.; Jude, E.; Turner, V.; Savill, H.; Mccormick, J.; Clark, M.; Coulding, M.; Siddiqui, S.; Mercer, O.; Rehman, H.; Potla, D.; Capps, N.; Donaldson, D.; Jones, J.; Button, H.; Martin, T.; Hard, K.; Agasou, A.; Tonks, L.; Arden, T.; Boyle, P.; Carnahan, M.; Strickley, J.; Adams, C.; Childs, D.; Rikunenko, R.; Leigh, M.; Breekes, M.; Wilcox, R.; Bowes, A.; Tiveran, H.; Hurford, F.; Summers, J.; Carter, A.; Hussain, Y.; Ting, L.; Javaid, A.; Motherwell, N.; Moore, H.; Millward, H.; Jose, S.; Schunki, N.; Noakes, A.; Clulow, C.; Sadera, G.; Jacob, R.; Jones, C.; Blunt, M.; Coton, Z.; Curgenven, H.; Mohamed Ally, S.; Beaumont, K.; Elsaadany, M.; Fernandes, K.; Ali Mohamed Ali, I.; Rangarajan, H.; Sarathy, V.; Selvanayagam, S.; Vedage, D.; White, M.; Smith, M.; Truman, N.; Chukkambotla, S.; Keith, S.; Cockerill-Taylor, J.; Ryan-Smith, J.; Bolton, R.; Springle, P.; Dykes, J.; Thomas, J.; Khan, M.; Hijazi, M. T.; Massey, E.; Croston, G.; Reschreiter, H.; Camsooksai, J.; Patch, S.; Jenkins, S.; Humphrey, C.; Wadams, B.; Bhatia, N.; Msiska, M.; Adanini, O.; Attwood, B.; Parsons, P.; Tatham, K.; Jhanji, S.; Black, E.; Dela Rosa, A.; Howle, R.; Thomas, B.; Bemand, T.; Raobaikady, R.; Saha, R.; Staines, N.; Daniel, A.; Finn, J.; Hutter, J.; Doble, P.; Shovelton, C.; Pawley, C.; Kannan, T.; Hill, M.; Combes, E.; Monnery, S.; Joefield, T.; Popescu, M.; Thankachen, M.; Oblak, M.; Little, J.; Mcivor, S.; Brady, A.; Whittle, H.; Prady, H.; Chan, R.; Ahmed, A.; Morris, A.; Gibson, C.; Gordon, E.; Keenan, S.; Quinn, H.; Benyon, S.; Marriott, S.; Zitter, L.; Park, L.; Baines, K.; Lyons, M.; Holland, M.; Keenan, N.; Young, M.; Garrioch, S.; Dawson, J.; Tolson, M.; Scholefield, B.; Bi, R.; Richardson, N.; Schumacher, N.; Cosier, T.; Millen, G.; Higham, A.; Simpson, K.; Turki, S.; Allen, L.; Crisp, N.; Hazleton, T.; Knight, A.; Deery, J.; Price, C.; Turney, S.; Tilbey, S.; Beranova, E.; Wright, D.; Georg, L.; Twiss, S.; Cowton, A.; Wadd, S.; Postlethwaite, K.; Gondo, P.; Masunda, B.; Kayani, A.; Hadebe, B.; Whiteside, J.; Campbell, R.; Clarke, N.; Donnison, P.; Trim, F.; Leadbitter, I.; O'Sullivan, S.; Purewal, B.; Bell, S.; Rivers, V.; O'Leary, R.; Birch, J.; Collins, E.; Anderson, S.; Hammerton, K.; Andrews, E.; Burns, K.; Edmond, I.; Salutous, D.; Todd, A.; Donnachie, J.; Turner, P.; Prentice, L.; Symon, L.; Runciman, N.; Auld, F.; Halkes, M.; Mercer, P.; Thornton, L.; Debreceni, G.; Wilkins, J.; Brown, A.; Crickmore, V.; Subramanian, G.; Marshall, R.; Jennings, C.; Latif, M.; Bunni, L.; Spivey, M.; Bean, S.; Burt, K.; Linnett, V.; Ritzema, J.; Sanderson, A.; Bokhari, M.; Kapoor, R.; Loader, D.; Ayers, A.; Harrison, W.; North, J.; Belagodu, Z.; Parasomthy, R.; Olufuwa, O.; Gherman, A.; Fuller, B.; Stuart, C.; Kelsall, O.; Davis, C.; Wild, L.; Wood, H.; Thrush, J.; Durie, A.; Austin, K.; Archer, K.; Anderson, P.; Vigurs, C.; Thorpe, C.; Thomas, A.; Knights, E.; Boyle, N.; Price, A.; Kubisz-Pudelko, A.; Wood, D.; Lewis, A.; Board, S.; Pippard, L.; Perry, J.; Beesley, K.; Rattray, A.; Taylor, M.; Lee, E.; Lennon, L.; Douglas, K.; Bell, D.; Boyle, R.; Glass, L.; Nauman Akhtar, M.; Dent, K.; Potoczna, D.; Pearson, S.; Horsley, E.; Spencer, S.; Phillips, C.; Mullan, D.; Skinner, D.; Gaylard, J.; Ortiz-Ruizdegordoa, L.; Barber, R.; Hewitt, C.; Hilldrith, A.; Shepardson, S.; Wills, M.; Jackson-Lawrence, K.; Gupta, A.; Easthope, A.; Timlick, E.; Gorman, C.; Otaha, I.; Gales, A.; Coetzee, S.; Raj, M.; Peiu, M.; Parris, V.; Quaid, S.; Watson, E.; Elliott, K.; Mallinson, J.; Chandler, B.; Turnbull, A.; Quinn, A.; Finch, C.; Holl, C.; Cooper, J.; Evans, A.; Collins, A.; Treus Gude, E.; Love, N.; van Koutrik, L.; Hunt, J.; Kaye, D.; Fisher, E.; Brayne, A.; Tuckey, V.; Jackson, P.; Parkin, J.; Brealey, D.; Raith, E.; Tariq, A.; Houlden, H.; Tucci, A.; Hardy, J.; Moncur, E.; Highgate, J.; Cowley, A.; Mitra, A.; Stead, R.; Behan, T.; Burnett, C.; Newton, M.; Heeney, E.; Pollard, R.; Hatton, J.; Patel, A.; Kasipandian, V.; Allibone, S.; Genetu, R. M.; Otahal, I.; O'Brien, L.; Omar, Z.; Perkins, E.; Davies, K.; Tetla, D.; Pothecary, C.; Deacon, B.; Shelley, B.; Irvine, V.; Williams, S.; Williams, P.; Birch, J.; Goodsell, J.; Tutton, R.; Bough, L.; Winter-Goodwin, B.; Kitson, R.; Pinnell, J.; Wilson, A.; Nortcliffe, T.; Wood, T.; Home, M.; Holdroyd, K.; Robinson, M.; Shaw, R.; Greig, J.; Brady, M.; Haigh, A.; Matupe, L.; Usher, M.; Mellor, S.; Dale, S.; Gledhill, L.; Shaw, L.; Turner, G.; Kelly, D.; Anwar, B.; Riley, H.; Sturgeon, H.; Ali, A.; Thomis, L.; Melia, D.; Dance, A.; Hanson, K.; Humphreys, S.; Frost, I.; Gopal, V.; Godden, J.; Holden, A.; Swann, S.; Clapham, M.; Poultney, U.; Harper, R.; Rice, P.; Khaliq, W.; Reece-Anthony, R.; Gurung, B.; Moultrie, S.; Odam, M.; Mayer, A.; Bellini, A.; Pickard, A.; Bryant, J.; Roe, N.; Sowter, J.; Butcher, D.; Lang, K.; Taylor, J.; Barry, P.; Hobrok, M.; Tench, H.; Wolf-Roberts, R.; Mcguinness, H.; Loosley, R.; Hawcutt, D.; Rad, L.; O'Malley, L.; Saunderson, P.; Seddon, G.; Anderson, T.; Rogers, N.; Ruddy, J.; Harkins, M.; Taylor, M.; Beith, C.; Mcalpine, A.; Ferguson, L.; Grant, P.; Macfadyen, S.; Mclaughlin, M.; Baird, T.; Rundell, S.; Glass, L.; Welsh, B.; Hamill, R.; Fisher, F.; Smith, T.; Gregory, J.; Brown, A.; Rolker, S.; Nothen, M. M.; Fazaal, J.; Keitel, V.; Jensen, B.; Feldt, T.; Knopp, L.; Schroder, J.; Maj, C.; Brand, F.; Berger, M. M.; Brenner, T.; Hinney, A.; Witzke, O.; Bals, R.; Herr, C.; Ludwig, N.; Walter, J.; Schneider, J.; Erber, J.; Spinner, C. D.; Wendtner, C. M.; Winter, C.; Protzer, U.; Casadei, N.; Ossowski, S.; Motameny, S.; Riess, O. H.; Kwasniewski, M.; Korotko, U.; Chwialkowska, K.; Niemira, M.; Jaroszewicz, J.; Sobala-Szczygiel, B.; Puzanowska, B.; Parfieniuk-Kowerda, A.; Martonik, D.; Moniuszko-Malinowska, A.; Pancewicz, S.; Zarebska-Michaluk, D.; Simon, K.; Pazgan-Simon, M.; Mozer-Lisewska, I.; Bura, M.; Adamek, A.; Tomasiewicz, K.; Pawlowska, M.; Piekarska, A.; Berkan-Kawinska, A.; Horban, A.; Kowalska, J.; Podlasin, R.; Wasilewski, P.; Azzadin, A.; Czuczwar, M.; Czaban, S.; Olszewski, P.; Bogocz, J.; Ochab, M.; Kruk, A.; Uszok, S.; Bielska, A.; Szalkowska, A.; Raczkowska, J.; Sokolowska, G.; Chorostowska-Wynimko, J.; Jezela-Stanek, A.; Rozy, A.; Lechowicz, U.; Polowianiuk, U.; Grubczak, K.; Starosz, A.; Eljaszewicz, A.; Izdebska, W.; Kretowski, A.; Flisiak, R.; Moniuszko, M.; Abedalthagafi, M.; Alaamery, M.; Massadeh, S.; Fawzy, M.; Albardis, H.; Aljawini, N.; Alsuwailm, M.; Almalki, F.; Mangul, S.; Jung, J.; Mbarek, H.; Saad, C.; Al-Sarraj, Y.; Al-Muftah, W.; Badji, R.; Thani, A. A.; Ismail, S. I.. - In: HUMAN GENETICS. - ISSN 0340-6717. - 141:1(2022), pp. 147-173. [10.1007/s00439-021-02397-7]

Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity

Girardis M.;Busani S.;Cossarizza A.;
2022

Abstract

The combined impact of common and rare exonic variants in COVID-19 host genetics is currently insufficiently understood. Here, common and rare variants from whole-exome sequencing data of about 4000 SARS-CoV-2-positive individuals were used to define an interpretable machine-learning model for predicting COVID-19 severity. First, variants were converted into separate sets of Boolean features, depending on the absence or the presence of variants in each gene. An ensemble of LASSO logistic regression models was used to identify the most informative Boolean features with respect to the genetic bases of severity. The Boolean features selected by these logistic models were combined into an Integrated PolyGenic Score that offers a synthetic and interpretable index for describing the contribution of host genetics in COVID-19 severity, as demonstrated through testing in several independent cohorts. Selected features belong to ultra-rare, rare, low-frequency, and common variants, including those in linkage disequilibrium with known GWAS loci. Noteworthily, around one quarter of the selected genes are sex-specific. Pathway analysis of the selected genes associated with COVID-19 severity reflected the multi-organ nature of the disease. The proposed model might provide useful information for developing diagnostics and therapeutics, while also being able to guide bedside disease management.
2022
141
1
147
173
Common, low-frequency, rare, and ultra-rare coding variants contribute to COVID-19 severity / Fallerini, C.; Picchiotti, N.; Baldassarri, M.; Zguro, K.; Daga, S.; Fava, F.; Benetti, E.; Amitrano, S.; Bruttini, M.; Palmieri, M.; Croci, S.; Lista, M.; Beligni, G.; Valentino, F.; Meloni, I.; Tanfoni, M.; Minnai, F.; Colombo, F.; Cabri, E.; Fratelli, M.; Gabbi, C.; Mantovani, S.; Frullanti, E.; Gori, M.; Crawley, F. P.; Butler-Laporte, G.; Richards, B.; Zeberg, H.; Lipcsey, M.; Hultstrom, M.; Ludwig, K. U.; Schulte, E. C.; Pairo-Castineira, E.; Baillie, J. K.; Schmidt, A.; Frithiof, R.; Mari, F.; Renieri, A.; Furini, S.; Montagnani, F.; Tumbarello, M.; Rancan, I.; Fabbiani, M.; Rossetti, B.; Bergantini, L.; D'Alessandro, M.; Cameli, P.; Bennett, D.; Anedda, F.; Marcantonio, S.; Scolletta, S.; Franchi, F.; Mazzei, M. A.; Guerrini, S.; Conticini, E.; Cantarini, L.; Frediani, B.; Tacconi, D.; Raffaelli, C. S.; Feri, M.; Donati, A.; Scala, R.; Guidelli, L.; Spargi, G.; Corridi, M.; Nencioni, C.; Croci, L.; Caldarelli, G. P.; Spagnesi, M.; Romani, D.; Piacentini, P.; Bandini, M.; Desanctis, E.; Cappelli, S.; Canaccini, A.; Verzuri, A.; Anemoli, V.; Pisani, M.; Ognibene, A.; Pancrazzi, A.; Lorubbio, M.; Vaghi, M.; Monforte, A. D.; Miraglia, F. G.; Mondelli, M. U.; Girardis, M.; Venturelli, S.; Busani, S.; Cossarizza, A.; Antinori, A.; Vergori, A.; Emiliozzi, A.; Rusconi, S.; Siano, M.; Gabrieli, A.; Riva, A.; Francisci, D.; Schiaroli, E.; Paciosi, F.; Tommasi, A.; Scotton, P. G.; Andretta, F.; Panese, S.; Baratti, S.; Scaggiante, R.; Gatti, F.; Parisi, S. G.; Castelli, F.; Quiros-Roldan, E.; Antoni, M. D.; Zanella, I.; Monica, M. D.; Piscopo, C.; Capasso, M.; Russo, R.; Andolfo, I.; Iolascon, A.; Fiorentino, G.; Carella, M.; Castori, M.; Aucella, F.; Raggi, P.; Perna, R.; Bassetti, M.; Biagio, A. D.; Sanguinetti, M.; Masucci, L.; Guarnaccia, A.; Valente, S.; Vivo, O. D.; Doddato, G.; Tita, R.; Giliberti, A.; Mencarelli, M. A.; Rizzo, C. L.; Pinto, A. M.; Perticaroli, V.; Ariani, F.; Carriero, M. L.; Sarno, L. D.; Alaverdian, D.; Bargagli, E.; Mandala, M.; Giorli, A.; Salerni, L.; Zucchi, P.; Parravicini, P.; Menatti, E.; Trotta, T.; Giannattasio, F.; Coiro, G.; Lena, F.; Lacerenza, L. G.; Coviello, D. A.; Mussini, C.; Martinelli, E.; Mancarella, S.; Tavecchia, L.; Belli, M. A.; Crotti, L.; Parati, G.; Sanarico, M.; Raimondi, F.; Biscarini, F.; Stella, A.; Rizzi, M.; Maggiolo, F.; Ripamonti, D.; Suardi, C.; Bachetti, T.; Rovere, M. T. L.; Sarzi-Braga, S.; Bussotti, M.; Capitani, K.; Dei, S.; Ravaglia, S.; Artuso, R.; Andreucci, E.; Gori, G.; Pagliazzi, A.; Fiorentini, E.; Perrella, A.; Bianchi, F.; Bergomi, P.; Catena, E.; Colombo, R.; Luchi, S.; Morelli, G.; Petrocelli, P.; Iacopini, S.; Modica, S.; Baroni, S.; Segala, F. V.; Menichetti, F.; Falcone, M.; Tiseo, G.; Barbieri, C.; Matucci, T.; Grassi, D.; Ferri, C.; Marinangeli, F.; Brancati, F.; Vincenti, A.; Borgo, V.; Stefania, L.; Lenzi, M.; Pietro, M. A. D.; Vichi, F.; Romanin, B.; Attala, L.; Costa, C.; Gabbuti, A.; Roberto, M.; Zuccon, U.; Vietri, L.; Ceri, S.; Pinoli, P.; Casprini, P.; Merla, G.; Squeo, G. M.; Maffezzoni, M.; Bruno, R.; Vecchia, M.; Colaneri, M.; Ludovisi, S.; Marincevic-Zuniga, Y.; Nordlund, J.; Luther, T.; Larsson, A.; Hanslin, K.; Gradin, A.; Galien, S.; Anderberg, S. B.; Rosen, J.; Rubertsson, S.; Clohisey, S.; Horby, P.; Millar, J.; Knight, J.; Montgomery, H.; Maslove, D.; Ling, L.; Nichol, A.; Summers, C.; Walsh, T.; Hinds, C.; Semple, M. G.; Openshaw, P. J. M.; Shankar-Hari, M.; Ho, A.; Mcauley, D.; Ponting, C.; Rowan, K.; Griffiths, F.; Oosthuyzen, W.; Meikle, J.; Finernan, P.; Furniss, J.; Mcmaster, E.; Law, A.; Paterson, T.; Wackett, T.; Armstrong, R.; Murphy, L.; Fawkes, A.; Clark, R.; Coutts, A.; Donnelly, L.; Gilchrist, T.; Hafezi, K.; Macgillivray, L.; Maclean, A.; Mccafferty, S.; Morrice, K.; Weaver, J.; Boz, C.; Golightly, A.; Ward, M.; Mal, H.; Szoor-McElhinney, H.; Brown, A.; Hendry, R.; Stenhouse, A.; Cullum, L.; Law, D.; Law, S.; Law, R.; Swets, M.; Day, N.; Taneski, F.; Duncan, E.; Zechner, M.; Parkinson, N.; Klaric, L.; Bretherick, A. D.; Rawlik, K.; Pasko, D.; Walker, S.; Fourman, M. H.; Russell, C. D.; Richmond, A.; Gountouna, E.; Harrison, D.; Wang, B.; Wu, Y.; Meynert, A.; Kousathanas, A.; Moutsianas, L.; Yang, Z.; Zhai, R.; Zheng, C.; Grimes, G.; Shih, B.; Yang, J.; Shen, X.; Ponting, C. P.; Tenesa, A.; Vitart, V.; Wilson, J. F.; Collier, D.; Wood, S.; Zak, A.; Borra, C.; Matharu, M.; May, P.; Alldis, Z.; Mitchelmore, O.; Bowles, R.; Easthorpe, A.; Bibi, F.; Lancoma-Malcolm, I.; Gurasashvili, J.; Pheby, J.; Shiel, J.; Bolton, M.; Patel, M.; Taylor, M.; Zongo, O.; Ebano, P.; Harding, P.; Astin-Chamberlain, R.; Choudhury, Y.; Cox, A.; Kallon, D.; Burton, M.; Hall, R.; Blowes, S.; Prime, Z.; Biddle, J.; Prysyazhna, O.; Newman, T.; Tierney, C.; Kassam, J.; Shankar-Hari, M.; Ostermann, M.; Campos, S.; Bociek, A.; Lim, R.; Grau, N.; Jones, T. O.; Whitton, C.; Marotti, M.; Arbane, G.; Bonner, S.; Hugill, K.; Reid, J.; Welters, I.; Waugh, V.; Williams, K.; Shaw, D.; Fernandez Roman, J.; Lopez Martinez, M.; Johnson, E.; Waite, A.; Johnson, B.; Hamilton, O.; Mulla, S.; Mcphail, M.; Smith, J.; Barclay, L.; Hope, D.; Mcculloch, C.; Mcquillan, L.; Clark, S.; Singleton, J.; Priestley, K.; Rea, N.; Callaghan, M.; Campbell, R.; Andrew, G.; Marshall, L.; Mckechnie, S.; Hutton, P.; Bashyal, A.; Davidson, N.; Summers, C.; Polgarova, P.; Stroud, K.; Pathan, N.; Elston, K.; Agrawal, S.; Battle, C.; Newey, L.; Rees, T.; Harford, R.; Brinkworth, E.; Williams, M.; Murphy, C.; White, I.; Croft, M.; Bandla, N.; Gellamucho, M.; Tomlinson, J.; Turner, H.; Davies, M.; Quinn, A.; Hussain, I.; Thompson, C.; Parker, H.; Bradley, R.; Griffiths, R.; Scriven, J.; Gill, J.; Puxty, A.; Cathcart, S.; Salutous, D.; Turner, L.; Duffy, K.; Puxty, K.; Joseph, A.; Herdman-Grant, R.; Simms, R.; Swain, A.; Naranjo, A.; Crowe, R.; Sollesta, K.; Loveridge, A.; Baptista, D.; Morino, E.; Davey, M.; Golden, D.; Jones, J.; Moreno Cuesta, J.; Haldeos, A.; Bakthavatsalam, D.; Vincent, R.; Elhassan, M.; Xavier, K.; Ganesan, A.; Purohit, D.; Abdelrazik, M.; Morgan, J.; Akeroyd, L.; Bano, S.; Warren, D.; Bromley, M.; Sellick, K.; Gurr, L.; Wilkinson, B.; Nagarajan, V.; Szedlak, P.; Cupitt, J.; Stoddard, E.; Benham, L.; Preston, S.; Slawson, N.; Bradshaw, Z.; Brown, J.; Caswell, M.; Melling, S.; Bamford, P.; Faulkner, M.; Cawley, K.; Jeffrey, H.; London, E.; Sainsbury, H.; Nagra, I.; Nasir, F.; Dunmore, C.; Jones, R.; Abraheem, A.; Al-Moasseb, M.; Girach, R.; Brantwood, C.; Alexander, P.; Bradley-Potts, J.; Allen, S.; Felton, T.; Manna, S.; Farnell-Ward, S.; Leaver, S.; Queiroz, J.; Maccacari, E.; Dawson, D.; Castro Delgado, C.; Pepermans Saluzzio, R.; Ezeobu, O.; Ding, L.; Sicat, C.; Kanu, R.; Durrant, G.; Texeira, J.; Harrison, A.; Samakomva, T.; Willis, H.; Hopkins, B.; Thrasyvoulou, L.; Jackson, M.; Zaki, A.; Tibke, C.; Bennett, S.; Woodyatt, W.; Kent, A.; Goodwin, E.; Brandwood, C.; Clark, R.; Smit, L.; Rooney, K.; Thomson, N.; Rodden, N.; Hughes, E.; Mcglynn, D.; Clark, C.; Clark, P.; Abel, L.; Sundaram, R.; Gemmell, L.; Brett, M.; Hornsby, J.; Macgoey, P.; Price, R.; Digby, B.; O'Neil, P.; Mcconnell, P.; Henderson, P.; Henderson, S.; Sim, M.; Kennedy-Hay, S.; Mcparland, C.; Rooney, L.; Baxter, N.; Pogson, D.; Rose, S.; Daly, Z.; Brimfield, L.; Phull, M. K.; Hussain, M.; Pogreban, T.; Rosaroso, L.; Salciute, E.; Grauslyte, L.; Brealey, D.; Wraith, E.; Maccallum, N.; Bercades, G.; Hass, I.; Smyth, D.; Reyes, A.; Martir, G.; Clement, I. D.; Webster, K.; Hays, C.; Gulati, A.; Hodgson, L.; Margarson, M.; Gomez, R.; Baird, Y.; Thirlwall, Y.; Folkes, L.; Butler, A.; Meadows, E.; Moore, S.; Raynard, D.; Fox, H.; Riddles, L.; King, K.; Kimber, S.; Hobden, G.; Mccarthy, A.; Cannons, V.; Balagosa, I.; Chadbourn, I.; Gardner, A.; Horner, D.; Mclaughlanv, D.; Charles, B.; Proudfoot, N.; Marsden, T.; Mcmorrow, L.; Blackledge, B.; Pendlebury, J.; Harvey, A.; Apetri, E.; Basikolo, C.; Catlow, L.; Doonan, R.; Knowles, K.; Lee, S.; Lomas, D.; Lyons, C.; Perez, J.; Poulaka, M.; Slaughter, M.; Slevin, K.; Taylor, M.; Thomas, V.; Walker, D.; Harris, J.; Drummond, A.; Tully, R.; Dearden, J.; Philbin, J.; Munt, S.; Rishton, C.; O'Connor, G.; Mulcahy, M.; Dobson, E.; Cuttler, J.; Edward, M.; Rose, A.; Sloan, B.; Buckley, S.; Brooke, H.; Smithson, E.; Charlesworth, R.; Sandu, R.; Thirumaran, M.; Wagstaff, V.; Cebrian Suarez, J.; Kaliappan, A.; Vertue, M.; Nicholson, A.; Riches, J.; Solesbury, A.; Kittridge, L.; Forsey, M.; Maloney, G.; Cole, J.; Davies, M.; Davies, R.; Hill, H.; Thomas, E.; Williams, A.; Duffin, D.; Player, B.; Radhakrishnan, J.; Gibson, S.; Lyle, A.; Mcneela, F.; Patel, B.; Gummadi, M.; Sloane, G.; Dormand, N.; Salmi, S.; Farzad, Z.; Cristiano, D.; Liyanage, K.; Thwaites, V.; Varghese, M.; Meredith, M.; Mills, G.; Willson, J.; Harrington, K.; Lenagh, B.; Cawthron, K.; Masuko, S.; Raithatha, A.; Bauchmuller, K.; Ahmad, N.; Barker, J.; Jackson, Y.; Kibutu, F.; Bird, S.; Watson, G.; Martin, J.; Bevan, E.; Wrey Brown, C.; Trodd, D.; English, K.; Bell, G.; Wilcox, L.; Katary, A.; Gopal, S.; Lake, V.; Harris, N.; Metherell, S.; Radford, E.; Scriven, J.; Moore, F.; Bancroft, H.; Daglish, J.; Sangombe, M.; Carmody, M.; Rhodes, J.; Bellamy, M.; Garg, A.; Kuravi, A.; Virgilio, E.; Ranga, P.; Butler, J.; Botfield, L.; Dexter, C.; Fletcher, J.; Shanmugasundaram, P.; Hambrook, G.; Burn, I.; Manso, K.; Thornton, D.; Tebbutt, J.; Penn, R.; Hulme, J.; Hussain, S.; Maqsood, Z.; Joseph, S.; Colley, J.; Hayes, A.; Ahmed, C.; Haque, R.; Clamp, S.; Kumar, R.; Purewal, M.; Baines, B.; Frise, M.; Jacques, N.; Coles, H.; Caterson, J.; Gurung Rai, S.; Brunton, M.; Tilney, E.; Keating, L.; Walden, A.; Antcliffe, D.; Gordon, A.; Templeton, M.; Rojo, R.; Banach, D.; Sousa Arias, S.; Fernandez, Z.; Coghlan, P.; Williams, D.; Jardine, C.; Bewley, J.; Sweet, K.; Grimmer, L.; Johnson, R.; Garland, Z.; Gumbrill, B.; Phillips, C.; Ortiz-Ruiz de Gordoa, L.; Peasgood, E.; Tridente, A.; Shuker, K.; Greer, S.; Lynch, C.; Pothecary, C.; Deacon, B.; Turner, K.; Singh, J.; Sera Howe, G.; Paul, P.; Gill, M.; Wynter, I.; Ratnam, V.; Shelton, S.; Naisbitt, J.; Melville, J.; Baruah, R.; Morrison, S.; Mcgregor, A.; Parris, V.; Mpelembue, M.; Srikaran, S.; Dennis, C.; Sukha, A.; Williams, A.; Verlande, M.; Holding, K.; Riches, K.; Downes, C.; Swan, C.; Rostron, A.; Roy, A.; Woods, L.; Cornell, S.; Wakinshaw, F.; Creagh-Brown, B.; Blackman, H.; Salberg, A.; Smith, E.; Donlon, S.; Mtuwa, S.; Michalak-Glinska, N.; Stone, S.; Beazley, C.; Pristopan, V.; Nikitas, N.; Lankester, L.; Wells, C.; Raj, A. S.; Fletcher, K.; Khade, R.; Tsinaslanidis, G.; Mcmahon, M.; Fowler, S.; Coventry, T.; Stewart, R.; Wren, L.; Mwaura, E.; Mew, L.; Rose, A.; Scaletta, D.; Williams, F.; Inweregbu, K.; Nicholson, A.; Lancaster, N.; Cunningham, M.; Daniels, A.; Harrison, L.; Hope, S.; Jones, S.; Crew, A.; Wray, G.; Matthews, J.; Crawley, R.; Carter, J.; Birkinshaw, I.; Ingham, J.; Scott, Z.; Howard, K.; Joy, R.; Roche, S.; Clark, M.; Purvis, S.; Morrison, A.; Strachan, D.; Taylor, M.; Clements, S.; Black, K.; Parmar, C.; Altabaibeh, A.; Simpson, K.; Mostoles, L.; Gilbert, K.; Ma, L.; Alvaro, A.; Thomas, M.; Faulkner, B.; Worner, R.; Hayes, K.; Gendall, E.; Blakemore, H.; Borislavova, B.; Goff, E.; Vuylsteke, A.; Mwaura, L.; Zamikula, J.; Garner, L.; Mitchell, A.; Mepham, S.; Cagova, L.; Fofano, A.; Holcombe, H.; Praman, K.; Szakmany, T.; Heron, A. E.; Cherian, S.; Cutler, S.; Roynon-Reed, A.; Randell, G.; Convery, K.; Stammers, K.; Fottrell-Gould, D.; Hudig, L.; Keshetprice, J.; Peters, M.; O'Neill, L.; Ray, S.; Belfield, H.; Mchugh, T.; Jones, G.; Akinkugbe, O.; Tomas, A.; Abaleke, E.; Beech, E.; Meghari, H.; Yussuf, S.; Bamford, A.; Hairsine, B.; Dooks, E.; Farquhar, F.; Packham, S.; Bates, H.; Mcparland, C.; Armstrong, L.; Kaye, C.; Allan, A.; Medhora, J.; Liew, J.; Botello, A.; Anderson, F.; Cusack, R.; Golding, H.; Prager, K.; Williams, T.; Leggett, S.; Golder, K.; Male, M.; Jones, O.; Criste, K.; Marani, M.; Anumakonda, V.; Amin, V.; Karthik, K.; Kausar, R.; Anastasescu, E.; Reid, K.; Jacqui, M.; Hormis, A.; Walker, R.; Collier, D.; Duncan, T.; Uriel, A.; Ustianowski, A.; T-Michael, H.; Bruce, M.; Connolly, K.; Smith, K.; Partridge, R.; Griffin, D.; Mcdonald, M.; Muchenje, N.; Martin, D.; Filipe, H.; Eastgate, C.; Jackson, C.; Gratrix, A.; Foster, L.; Martinson, V.; Stones, E.; Abernathy, C.; Parkinson, P.; Reed, A.; Prendergast, C.; Rogers, P.; Woodruff, M.; Shokkar, R.; Kaul, S.; Barron, A.; Collins, C.; Beavis, S.; Whileman, A.; Dale, K.; Hawes, J.; Pritchard, K.; Gascoyne, R.; Stevenson, L.; Jha, R.; Lim, L.; Krishnamurthy, V.; Parker, R.; Turner-Bone, I.; Wilding, L.; Reddy, A.; Whiteley, S.; Wilby, E.; Howcroft, C.; Aspinwall, A.; Charlton, S.; Ogg, B.; Menzies, D.; Pugh, R.; Allan, E.; Lean, R.; Davies, F.; Easton, J.; Qiu, X.; Kumar, S.; Darlington, K.; Houston, G.; O'Brien, P.; Geary, T.; Allan, J.; Meikle, A.; Hughes, G.; Balasubramaniam, M.; Latham, S.; Mckenna, E.; Flanagan, R.; Sathe, S.; Davies, E.; Roche, L.; Chablani, M.; Kirkby, A.; Netherton, K.; Archer, S.; Yates, B.; Ashbrook-Raby, C.; Cole, S.; Casey, M.; Cabrelli, L.; Chapman, S.; Casey, M.; Austin, P.; Hutcheon, A.; Whyte, C.; Almaden-Boyle, C.; Pattison, N.; Cruz, C.; Vochin, A.; Kent, H.; Thomas, A.; Murdoch, S.; David, B.; Penacerrada, M.; Lubimbi, G.; Bastion, V.; Wulandari, R.; Valentine, J.; Clarke, D.; Serrano-Ruiz, A.; Hierons, S.; Ramos, L.; Demetriou, C.; Mitchard, S.; White, K.; White, N.; Pitts, S.; Branney, D.; Frankham, J.; Watters, M.; Langton, H.; Prout, R.; Page, V.; Varghes, T.; Cowton, A.; Kay, A.; Potts, K.; Birt, M.; Kent, M.; Wilkinson, A.; Jude, E.; Turner, V.; Savill, H.; Mccormick, J.; Clark, M.; Coulding, M.; Siddiqui, S.; Mercer, O.; Rehman, H.; Potla, D.; Capps, N.; Donaldson, D.; Jones, J.; Button, H.; Martin, T.; Hard, K.; Agasou, A.; Tonks, L.; Arden, T.; Boyle, P.; Carnahan, M.; Strickley, J.; Adams, C.; Childs, D.; Rikunenko, R.; Leigh, M.; Breekes, M.; Wilcox, R.; Bowes, A.; Tiveran, H.; Hurford, F.; Summers, J.; Carter, A.; Hussain, Y.; Ting, L.; Javaid, A.; Motherwell, N.; Moore, H.; Millward, H.; Jose, S.; Schunki, N.; Noakes, A.; Clulow, C.; Sadera, G.; Jacob, R.; Jones, C.; Blunt, M.; Coton, Z.; Curgenven, H.; Mohamed Ally, S.; Beaumont, K.; Elsaadany, M.; Fernandes, K.; Ali Mohamed Ali, I.; Rangarajan, H.; Sarathy, V.; Selvanayagam, S.; Vedage, D.; White, M.; Smith, M.; Truman, N.; Chukkambotla, S.; Keith, S.; Cockerill-Taylor, J.; Ryan-Smith, J.; Bolton, R.; Springle, P.; Dykes, J.; Thomas, J.; Khan, M.; Hijazi, M. T.; Massey, E.; Croston, G.; Reschreiter, H.; Camsooksai, J.; Patch, S.; Jenkins, S.; Humphrey, C.; Wadams, B.; Bhatia, N.; Msiska, M.; Adanini, O.; Attwood, B.; Parsons, P.; Tatham, K.; Jhanji, S.; Black, E.; Dela Rosa, A.; Howle, R.; Thomas, B.; Bemand, T.; Raobaikady, R.; Saha, R.; Staines, N.; Daniel, A.; Finn, J.; Hutter, J.; Doble, P.; Shovelton, C.; Pawley, C.; Kannan, T.; Hill, M.; Combes, E.; Monnery, S.; Joefield, T.; Popescu, M.; Thankachen, M.; Oblak, M.; Little, J.; Mcivor, S.; Brady, A.; Whittle, H.; Prady, H.; Chan, R.; Ahmed, A.; Morris, A.; Gibson, C.; Gordon, E.; Keenan, S.; Quinn, H.; Benyon, S.; Marriott, S.; Zitter, L.; Park, L.; Baines, K.; Lyons, M.; Holland, M.; Keenan, N.; Young, M.; Garrioch, S.; Dawson, J.; Tolson, M.; Scholefield, B.; Bi, R.; Richardson, N.; Schumacher, N.; Cosier, T.; Millen, G.; Higham, A.; Simpson, K.; Turki, S.; Allen, L.; Crisp, N.; Hazleton, T.; Knight, A.; Deery, J.; Price, C.; Turney, S.; Tilbey, S.; Beranova, E.; Wright, D.; Georg, L.; Twiss, S.; Cowton, A.; Wadd, S.; Postlethwaite, K.; Gondo, P.; Masunda, B.; Kayani, A.; Hadebe, B.; Whiteside, J.; Campbell, R.; Clarke, N.; Donnison, P.; Trim, F.; Leadbitter, I.; O'Sullivan, S.; Purewal, B.; Bell, S.; Rivers, V.; O'Leary, R.; Birch, J.; Collins, E.; Anderson, S.; Hammerton, K.; Andrews, E.; Burns, K.; Edmond, I.; Salutous, D.; Todd, A.; Donnachie, J.; Turner, P.; Prentice, L.; Symon, L.; Runciman, N.; Auld, F.; Halkes, M.; Mercer, P.; Thornton, L.; Debreceni, G.; Wilkins, J.; Brown, A.; Crickmore, V.; Subramanian, G.; Marshall, R.; Jennings, C.; Latif, M.; Bunni, L.; Spivey, M.; Bean, S.; Burt, K.; Linnett, V.; Ritzema, J.; Sanderson, A.; Bokhari, M.; Kapoor, R.; Loader, D.; Ayers, A.; Harrison, W.; North, J.; Belagodu, Z.; Parasomthy, R.; Olufuwa, O.; Gherman, A.; Fuller, B.; Stuart, C.; Kelsall, O.; Davis, C.; Wild, L.; Wood, H.; Thrush, J.; Durie, A.; Austin, K.; Archer, K.; Anderson, P.; Vigurs, C.; Thorpe, C.; Thomas, A.; Knights, E.; Boyle, N.; Price, A.; Kubisz-Pudelko, A.; Wood, D.; Lewis, A.; Board, S.; Pippard, L.; Perry, J.; Beesley, K.; Rattray, A.; Taylor, M.; Lee, E.; Lennon, L.; Douglas, K.; Bell, D.; Boyle, R.; Glass, L.; Nauman Akhtar, M.; Dent, K.; Potoczna, D.; Pearson, S.; Horsley, E.; Spencer, S.; Phillips, C.; Mullan, D.; Skinner, D.; Gaylard, J.; Ortiz-Ruizdegordoa, L.; Barber, R.; Hewitt, C.; Hilldrith, A.; Shepardson, S.; Wills, M.; Jackson-Lawrence, K.; Gupta, A.; Easthope, A.; Timlick, E.; Gorman, C.; Otaha, I.; Gales, A.; Coetzee, S.; Raj, M.; Peiu, M.; Parris, V.; Quaid, S.; Watson, E.; Elliott, K.; Mallinson, J.; Chandler, B.; Turnbull, A.; Quinn, A.; Finch, C.; Holl, C.; Cooper, J.; Evans, A.; Collins, A.; Treus Gude, E.; Love, N.; van Koutrik, L.; Hunt, J.; Kaye, D.; Fisher, E.; Brayne, A.; Tuckey, V.; Jackson, P.; Parkin, J.; Brealey, D.; Raith, E.; Tariq, A.; Houlden, H.; Tucci, A.; Hardy, J.; Moncur, E.; Highgate, J.; Cowley, A.; Mitra, A.; Stead, R.; Behan, T.; Burnett, C.; Newton, M.; Heeney, E.; Pollard, R.; Hatton, J.; Patel, A.; Kasipandian, V.; Allibone, S.; Genetu, R. M.; Otahal, I.; O'Brien, L.; Omar, Z.; Perkins, E.; Davies, K.; Tetla, D.; Pothecary, C.; Deacon, B.; Shelley, B.; Irvine, V.; Williams, S.; Williams, P.; Birch, J.; Goodsell, J.; Tutton, R.; Bough, L.; Winter-Goodwin, B.; Kitson, R.; Pinnell, J.; Wilson, A.; Nortcliffe, T.; Wood, T.; Home, M.; Holdroyd, K.; Robinson, M.; Shaw, R.; Greig, J.; Brady, M.; Haigh, A.; Matupe, L.; Usher, M.; Mellor, S.; Dale, S.; Gledhill, L.; Shaw, L.; Turner, G.; Kelly, D.; Anwar, B.; Riley, H.; Sturgeon, H.; Ali, A.; Thomis, L.; Melia, D.; Dance, A.; Hanson, K.; Humphreys, S.; Frost, I.; Gopal, V.; Godden, J.; Holden, A.; Swann, S.; Clapham, M.; Poultney, U.; Harper, R.; Rice, P.; Khaliq, W.; Reece-Anthony, R.; Gurung, B.; Moultrie, S.; Odam, M.; Mayer, A.; Bellini, A.; Pickard, A.; Bryant, J.; Roe, N.; Sowter, J.; Butcher, D.; Lang, K.; Taylor, J.; Barry, P.; Hobrok, M.; Tench, H.; Wolf-Roberts, R.; Mcguinness, H.; Loosley, R.; Hawcutt, D.; Rad, L.; O'Malley, L.; Saunderson, P.; Seddon, G.; Anderson, T.; Rogers, N.; Ruddy, J.; Harkins, M.; Taylor, M.; Beith, C.; Mcalpine, A.; Ferguson, L.; Grant, P.; Macfadyen, S.; Mclaughlin, M.; Baird, T.; Rundell, S.; Glass, L.; Welsh, B.; Hamill, R.; Fisher, F.; Smith, T.; Gregory, J.; Brown, A.; Rolker, S.; Nothen, M. M.; Fazaal, J.; Keitel, V.; Jensen, B.; Feldt, T.; Knopp, L.; Schroder, J.; Maj, C.; Brand, F.; Berger, M. M.; Brenner, T.; Hinney, A.; Witzke, O.; Bals, R.; Herr, C.; Ludwig, N.; Walter, J.; Schneider, J.; Erber, J.; Spinner, C. D.; Wendtner, C. M.; Winter, C.; Protzer, U.; Casadei, N.; Ossowski, S.; Motameny, S.; Riess, O. H.; Kwasniewski, M.; Korotko, U.; Chwialkowska, K.; Niemira, M.; Jaroszewicz, J.; Sobala-Szczygiel, B.; Puzanowska, B.; Parfieniuk-Kowerda, A.; Martonik, D.; Moniuszko-Malinowska, A.; Pancewicz, S.; Zarebska-Michaluk, D.; Simon, K.; Pazgan-Simon, M.; Mozer-Lisewska, I.; Bura, M.; Adamek, A.; Tomasiewicz, K.; Pawlowska, M.; Piekarska, A.; Berkan-Kawinska, A.; Horban, A.; Kowalska, J.; Podlasin, R.; Wasilewski, P.; Azzadin, A.; Czuczwar, M.; Czaban, S.; Olszewski, P.; Bogocz, J.; Ochab, M.; Kruk, A.; Uszok, S.; Bielska, A.; Szalkowska, A.; Raczkowska, J.; Sokolowska, G.; Chorostowska-Wynimko, J.; Jezela-Stanek, A.; Rozy, A.; Lechowicz, U.; Polowianiuk, U.; Grubczak, K.; Starosz, A.; Eljaszewicz, A.; Izdebska, W.; Kretowski, A.; Flisiak, R.; Moniuszko, M.; Abedalthagafi, M.; Alaamery, M.; Massadeh, S.; Fawzy, M.; Albardis, H.; Aljawini, N.; Alsuwailm, M.; Almalki, F.; Mangul, S.; Jung, J.; Mbarek, H.; Saad, C.; Al-Sarraj, Y.; Al-Muftah, W.; Badji, R.; Thani, A. A.; Ismail, S. I.. - In: HUMAN GENETICS. - ISSN 0340-6717. - 141:1(2022), pp. 147-173. [10.1007/s00439-021-02397-7]
Fallerini, C.; Picchiotti, N.; Baldassarri, M.; Zguro, K.; Daga, S.; Fava, F.; Benetti, E.; Amitrano, S.; Bruttini, M.; Palmieri, M.; Croci, S.; Lista...espandi
File in questo prodotto:
File Dimensione Formato  
s00439-021-02397-7.pdf

Open access

Tipologia: Versione pubblicata dall'editore
Dimensione 3.97 MB
Formato Adobe PDF
3.97 MB Adobe PDF Visualizza/Apri
Pubblicazioni consigliate

Licenza Creative Commons
I metadati presenti in IRIS UNIMORE sono rilasciati con licenza Creative Commons CC0 1.0 Universal, mentre i file delle pubblicazioni sono rilasciati con licenza Attribuzione 4.0 Internazionale (CC BY 4.0), salvo diversa indicazione.
In caso di violazione di copyright, contattare Supporto Iris

Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11380/1279575
Citazioni
  • ???jsp.display-item.citation.pmc??? 10
  • Scopus 23
  • ???jsp.display-item.citation.isi??? 22
social impact