A fast prize-collecting steiner forest algorithm for functional analyses in biological networks

Akhmedov, Murodzhon; LeNail, Alexander; Bertoni, Francesco; Kwee, Ivo; Fraenkel, Ernest; Montemanni, Roberto

doi:10.1007/978-3-319-59776-8_22

The Prize-collecting Steiner Forest (PCSF) problem is NP-hard, requiring extreme computational effort to find exact solutions for large inputs. We introduce a new heuristic algorithm for PCSF which preserves the quality of solutions obtained by previous heuristic approaches while reducing the runtime by a factor of 10 for larger graphs. By decreasing the draw on computational resources, this algorithm affords systems biologists the opportunity to analyze larger biological networks faster and narrow their analyses to individual patients.

A fast prize-collecting steiner forest algorithm for functional analyses in biological networks / Akhmedov, Murodzhon; LeNail, Alexander; Bertoni, Francesco; Kwee, Ivo; Fraenkel, Ernest; Montemanni, Roberto. - (2017), pp. 263-276. ((Intervento presentato al convegno CPAIOR 2017: Integration of AI and OR Techniques in Constraint Programming tenutosi a Padova nel June 2017.

Data di pubblicazione:	2017
Titolo:	A fast prize-collecting steiner forest algorithm for functional analyses in biological networks
Autore/i:	Akhmedov, Murodzhon; LeNail, Alexander; Bertoni, Francesco; Kwee, Ivo; Fraenkel, Ernest; Montemanni, Roberto
Autore/i UNIMORE:	Akhmedov Murodzhon LeNail Alexander Bertoni Francesco Kwee Ivo Fraenkel Ernest Montemanni, Roberto mostra contributor esterni nascondi contributor esterni
Digital Object Identifier (DOI):	http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-59776-8_22
Codice identificativo Scopus:	2-s2.0-85020822866
Codice identificativo ISI:	WOS:000434086200022
Nome del convegno:	CPAIOR 2017: Integration of AI and OR Techniques in Constraint Programming
Luogo del convegno:	Padova
Data del convegno:	June 2017
Pagina iniziale:	263
Pagina finale:	276
Citazione:	A fast prize-collecting steiner forest algorithm for functional analyses in biological networks / Akhmedov, Murodzhon; LeNail, Alexander; Bertoni, Francesco; Kwee, Ivo; Fraenkel, Ernest; Montemanni, Roberto. - (2017), pp. 263-276. ((Intervento presentato al convegno CPAIOR 2017: Integration of AI and OR Techniques in Constraint Programming tenutosi a Padova nel June 2017.
Tipologia	Relazione in Atti di Convegno

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http://hdl.handle.net/11380/1176350

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