Il DNA barcoding è stato proposto da Hebert e coll. nel 2003 con lo scopo di discriminare entità biologiche attraverso l’analisi di un singolo locus genico. Oggi il suo utilizzo appare in rapida ascesa (più di 450 lavori pubblicati riguardanti organismi anche molto differenti). Ciononostante, esistono ancora molte controversie sull’utilizzo di questo approccio in tassonomia. È importante sottolineare che solitamente il DNA barcoding non dovrebbe essere impiegato per la filogenesi, anche se a volte ciò è accaduto, ma piuttosto focalizzarsi sulla costruzione di una chiave di identificazione molecolare universale, basata però su consistenti informazioni tassonomiche che devono essere incluse nella barcode reference library. Nel Phylum Tardigrada, il DNA barcoding rappresenta un approccio recente per l’identificazione delle specie e per la risoluzione di problemi tassonomici, anche alla luce delle ridotte dimensioni degli animali e della limitatezza dei caratteri morfologici disponibili. Da queste premesse è stato sviluppato il progetto MoDNA (Morfologia e DNA), combinando lo studio di un frammento del gene mitocondriale citocromo c ossidasi I (cox1) con dati morfologici anche a livello fine, allo scopo di sviluppare e validare l’integrative taxonomy sul modello tardigradi. L’indagine è stata condotta su gruppi di specie affini e criptiche in più famiglie di Eutardigrada. La costruzione di un database di sequenze di riferimento è di importanza capitale per una corretta applicazione di questa metodica. Tuttavia, non è meno importante che queste sequenze siano strettamente correlate a specifici voucher specimens validati da esperti tassonomi. In mancanza di questo, il database di riferimento non può essere del tutto affidabile. Per raggiungere questo importante obiettivo sono stati sviluppati metodi e protocolli per ottenere risultati standardizzati ed una stretta corrispondenza tra sequenza di DNA e morfologia, possibilmente con documentazione sia al microscopio ottico che elettronico a scansione. Un valore aggiunto è rappresentato dalla possibilità di utilizzo di materiale proveniente dal locus typicus di una specie già descritta e ancor più dall’utilizzo del DNA barcoding nella descrizione di nuove specie.
L'approccio di DNA barcoding nello studio dei tardigradi / Bertolani, Roberto; Rebecchi, Lorena; Guidetti, Roberto; Altiero, Tiziana; Giovannini, Ilaria; Mori, L.; Cesari, Michele. - ELETTRONICO. - unico:(2012), pp. 83-83. (Intervento presentato al convegno 73° Congresso Nazionale dell'Unione Zoologica Italiana tenutosi a Firenze nel 24-27 settembre 2012).
L'approccio di DNA barcoding nello studio dei tardigradi
BERTOLANI, Roberto;REBECCHI, Lorena;GUIDETTI, Roberto;ALTIERO, Tiziana;GIOVANNINI, ILARIA;CESARI, Michele
2012
Abstract
Il DNA barcoding è stato proposto da Hebert e coll. nel 2003 con lo scopo di discriminare entità biologiche attraverso l’analisi di un singolo locus genico. Oggi il suo utilizzo appare in rapida ascesa (più di 450 lavori pubblicati riguardanti organismi anche molto differenti). Ciononostante, esistono ancora molte controversie sull’utilizzo di questo approccio in tassonomia. È importante sottolineare che solitamente il DNA barcoding non dovrebbe essere impiegato per la filogenesi, anche se a volte ciò è accaduto, ma piuttosto focalizzarsi sulla costruzione di una chiave di identificazione molecolare universale, basata però su consistenti informazioni tassonomiche che devono essere incluse nella barcode reference library. Nel Phylum Tardigrada, il DNA barcoding rappresenta un approccio recente per l’identificazione delle specie e per la risoluzione di problemi tassonomici, anche alla luce delle ridotte dimensioni degli animali e della limitatezza dei caratteri morfologici disponibili. Da queste premesse è stato sviluppato il progetto MoDNA (Morfologia e DNA), combinando lo studio di un frammento del gene mitocondriale citocromo c ossidasi I (cox1) con dati morfologici anche a livello fine, allo scopo di sviluppare e validare l’integrative taxonomy sul modello tardigradi. L’indagine è stata condotta su gruppi di specie affini e criptiche in più famiglie di Eutardigrada. La costruzione di un database di sequenze di riferimento è di importanza capitale per una corretta applicazione di questa metodica. Tuttavia, non è meno importante che queste sequenze siano strettamente correlate a specifici voucher specimens validati da esperti tassonomi. In mancanza di questo, il database di riferimento non può essere del tutto affidabile. Per raggiungere questo importante obiettivo sono stati sviluppati metodi e protocolli per ottenere risultati standardizzati ed una stretta corrispondenza tra sequenza di DNA e morfologia, possibilmente con documentazione sia al microscopio ottico che elettronico a scansione. Un valore aggiunto è rappresentato dalla possibilità di utilizzo di materiale proveniente dal locus typicus di una specie già descritta e ancor più dall’utilizzo del DNA barcoding nella descrizione di nuove specie.
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